[发明专利]基于TaHDA9-D基因中A2173T SNP位点鉴定小麦每穗小穗数的方法

说明书

本发明公开了一种基于TaHDA9‑D基因中A2173T SNP位点鉴定小麦每穗小穗数的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基于TaHDA9‑D基因的基因型为基因型I还是基因型II，基因型I小麦的每穗小穗数基因型II小麦的每穗小穗数；基因型I的小麦为基于A2173T SNP位点的基因型为AA纯合型的小麦；基因型II的小麦为基于A2173T SNP位点的基因型为TT纯合型的小麦；A2173T SNP位点为小麦基因组中SEQ ID NO:1自5’末端起的第2173位核苷酸。实验证明，通过检测待测小麦基于TaHDA9‑D基因的基因型可以筛选小麦每穗小穗数性状。本发明在小麦育种中具有重要应用价值。

技术领域

本发明属于生物技术领域，尤其涉及基于TaHDA9-D基因中A2173T SNP位点鉴定小麦每穗小穗数的方法，A2173T SNP位点为小麦基因组中SEQ ID NO:1自5’末端起的第2173位核苷酸。

背景技术

小麦(Triticum aestivumL.)是我国最主要的粮食作物之一。提升小麦单产是满足粮食需求不断提高的重要方式。每穗粒数是小麦单株产量构成的三大要素之一，而每穗小穗数则是每穗粒数的关键影响因素。因此，挖掘调控每穗小穗数的优异等位变异并开发功能标记在小麦穗粒数改良和小麦高产育种中具有重要的应用价值。

目前，研究者已经定位了大量调控每穗小穗数的QTL：Sourdille等在六倍体小麦的2AS、5AL和2BS上检测到了每穗小穗数QTL；Kato等检测到了4个位于5A染色体上的每穗小穗数QTL，其中效应最大的QTL在春化基因Vrn-A1区域；Liu等利用近等基因系在1D、2D、3D、5A、5B和5D上检测到小穗数QTL；Li等利用“Chuang35050×Shangnong483”RIL群体在5D染色体上检测到一个贡献率高达 51.79％的控制每穗小穗数的主效QTL；武炳瑾等利用周8425B/小偃81构建的重组自交系群体结合90K芯片建立了高密度遗传图谱，进行连锁分析，共计定位到12个控制每穗小穗数的QTL；Manickavelu利用重组自交系群体在2A、2B和4D染色体上分别检测到了3个、2个和1个控制每穗小穗数的QTL；Li等利用中国地方品种Banmangzi与“济麦22”构建的双亲群体(F6)，挖掘到控制每穗小穗数位5个QTL位点。尽管已经定位了大量的与小麦每穗小穗数相关的QTL，但由于绝大多数这些QTL的表型贡献率较小，且在不同年际及环境间重复性差，所以这些QTL难以应用于小麦每穗小穗数的遗传改良。

CAPS标记又称为PCR-RFLP(限制性片段长度多态性聚合酶链反应)，是一类以PCR为基础的共显性分子标记，揭示的是特异PCR片段的限制性长度变异信息，其基本原理是用PCR扩增目的DNA，扩增产物再用特异性内切酶消化切割成不同大小片段，直接在凝胶电泳上分辨。不同等位基因的限制性酶切位点分布不同，产生不同长度的DNA 片段条带。优点是避免了RFLP分析中繁琐的转移、杂交步骤，又能保持RFLP分析的精确度。然而，SNP恰好位于限制性酶切位点的情况比较少，因此，提出了dCAPS标记，即在CAPS标记的基础上通过在扩增引物中引入错配碱基，结合SNP位点引入新的限制性内切酶作用位点，产生和CAPS标记类似的多态性。

发明内容

本发明的目的为如何筛选或辅助筛选不同每穗小穗数小麦。

本发明首先保护筛选或辅助筛选不同每穗小穗数小麦的方法。

本发明所保护的筛选或辅助筛选不同每穗小穗数小麦的方法，具体可为方法一，可包括如下步骤：检测待测小麦基于TaHDA9-D基因的基因型为基因型I还是基因型 II，基因型I小麦的每穗小穗数基因型II小麦的每穗小穗数；

所述基因型I的小麦为基于A2173T SNP位点的基因型为AA纯合型的小麦；

所述基因型II的小麦为基于A2173T SNP位点的基因型为TT纯合型的小麦；

所述A2173T SNP位点为小麦基因组中SEQ ID NO:1自5’末端起的第2173位核苷酸。