[发明专利]高通量检测棉花GhFAD2-1基因高油酸突变位点的KASP分子标记

权利要求书

1.一种高通量检测棉花GhFAD2-1基因高油酸突变位点的KASP分子标记，其特征是，

与GhFAD2-1A核苷酸突变位点连锁的KASP分子标记为KASP-A429，核苷酸序列为：5’-GAAAATCAGTCACCGCCGTCA[T/-]CCACTCGAACACCGGTTCCATGGAGCGTGACGAAGTATTCGTGCCCAAACCCAAGTCTAAATTATCATGCTTTGCGAAATACTTAAACAATCCACCCGGTCGAGT-3’；

与GhFAD2-1D核苷酸突变位点连锁的KASP分子标记为KASP-D429，其核苷酸序列为：5’-GAAAATCAGTCACCGCCGTCA[A/-]CCACTCGAACACCGGTTCCATGGAGCGTGACGAAGTATTCGTGCCCAAACCCAAGTCTAAATTATCATGCTTTGCGAAATACTTCAACAATCCACCCGGTCGAG-3’。

2.一种高通量检测棉花GhFAD2-1基因高油酸突变位点的KASP分子标记引物，其特征在于，

1)KASP-A429的引物组为：

KASP-A429的特异性上游引物GhFAD2-1A-HEX:5’-GAAAATCAGTCACCGCCGTCAt-3’；

KASP-A429的特异性下游引物GhFAD2-1A-R:5’-ACTCGACCGGGTGGATTGTTT-3’；

通用上游引物：GhFAD2-1AD-FAM:5’-GAAAATCAGTCACCGCCGTCAC-3’；

2)KASP-D429的引物组为：

KASP-D429的特异上游引物GhFAD2-1D-HEX:5’-GAAAATCAGTCACCGCCGTCAa-3’；

KASP-D429的特异下游引物GhFAD2-1D-R:5’-CTCGACCGGGTGGATTGTTG-3’；

通用上游引物：GhFAD2-1AD-FAM:5’-GAAAATCAGTCACCGCCGTCAC-3’。

3.一种高通量检测棉花GhFAD2-1基因高油酸突变位点的检测试剂盒，其特征在于，该试剂盒至少包括权利要求2所述的KASP分子标记引物。

4.权利要求2所述的分子标记引物在确定棉花样品中GhFAD2-1A和GhFAD2-1D编码区429nt核苷酸突变位点中的应用。

5.权利要求2所述的分子标记引物在鉴定棉花GhFAD2-1基因高油酸性状表型中的应用。

6.一种鉴定棉花GhFAD2-1基因高油酸性状表型的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

采用权利要求2所述的分子标记引物对待测棉花样品的基因组DNA进行PCR扩增；

采用分子标记KASP-A429引物组进行PCR扩增鉴定目标InDel基因型的结果判断为：如果待测棉花样品扩增产物的荧光信号数据经Douglas基因分型软件分析靠近竖轴，则判定待测棉花样品GhFAD2-1A基因编码区第429位碱基处只检测到T，为纯和高油酸突变基因，基因型定义为AA，若待测棉花样品扩增产物的荧光信号数据靠近横轴，则判定待测棉花样品GhFAD2-1A基因编码区第429位碱基处没有发生碱基插入突变，为纯和正常油酸棉花，基因型定义为aa，如待测棉花扩增产物的荧光信号数据位于横轴和竖轴中间，则判定棉花样品为杂合体，基因型定义为Aa；

采用分子标记KASP-D429引物组进行PCR扩增鉴定目标InDel基因型的结果判断为：如果待测棉花样品扩增产物的荧光信号数据经Douglas基因分型软件分析靠近竖轴，则判定待测棉花样品GhFAD2-1D基因编码区第429位碱基处只检测到A，为纯和高油酸突变基因，基因型定义为BB，若待测棉花样品扩增产物的荧光信号数据靠近横轴，则判定待测棉花样品GhFAD2-1D基因编码区第429位碱基处没有发生碱基插入突变，为纯和正常油酸棉花，基因型定义为bb，如待测棉花扩增产物的荧光信号数据位于横轴和竖轴中间，则判定棉花样品为杂合体，基因型定义为Bb；

将KASP-A429和KASP-D429的检测结果结合，如检测棉花样品中GhFAD2-1A和GhFAD2-1D同时发生纯和突变，基因型为AABB，则该棉花样品为高油酸棉花样品。