[发明专利]一种宏基因组样本去宿主化的试剂盒及其应用在审
申请号: | 202111093817.4 | 申请日: | 2021-09-17 |
公开(公告)号: | CN115820800A | 公开(公告)日: | 2023-03-21 |
发明(设计)人: | 罗伟伟;申奥;吴红龙 | 申请(专利权)人: | 深圳华大因源医药科技有限公司;华大生物科技(武汉)有限公司;深圳华大基因股份有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12Q1/6869;C12N15/10 |
代理公司: | 上海弼兴律师事务所 31283 | 代理人: | 王卫彬;吕学辰 |
地址: | 518002 广东省深圳市前海深港合作*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 宏基 样本 宿主 试剂盒 及其 应用 | ||
1.一种用于宏基因组样本去宿主化的试剂盒,其包含细胞处理剂、消化缓冲液以及DNA消化酶,其特征在于,所述细胞处理剂包含胰酶以及毛地黄皂苷,所述胰酶在所述细胞处理剂中的浓度为0.2~2g/mL,所述毛地黄皂苷在所述细胞处理剂中的浓度为1~2.5%,百分比的单位为g/mL。
2.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述胰酶的浓度为1g/mL,所述毛地黄皂苷的浓度为2%。
3.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述消化缓冲液包含1.5~3M NaCl、80~160mM MgCl2、150~265mM Tris-HCl、50~75mM MnSO4、10~30mM DTT以及0.05~0.3%BSA;百分比单位为g/mL。
4.如权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述消化缓冲液包含2.5M NaCl、125mMMgCl2、187.5mM Tris-HCl、62.5mM MnSO4、25mM DTT以及0.25%BSA;百分比为质量体积百分比,单位为g/mL。
5.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述DNA消化酶包含浓度为250U/μL的全能核酸酶以及25U/μL的HL-SAN。
6.如权利要求1~5任一项所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括样本前处理液;所述样本前处理液较佳地为DTT或PBS。
7.一种宏基因组样本去宿主化中宿主细胞裂解的方法,其特征在于,包括如下步骤:
步骤(1)将处理样本与权利要求1中所定义的细胞处理剂、消化缓冲液以及DNA消化酶混合;
步骤(2)混匀、孵育,离心后弃上清;
步骤(3)加入PBS,混匀后弃上清;
步骤(4)加入裂解混合液悬浮沉淀;
步骤(5)加入溶壁酶和蛋白酶K;
在步骤(1)所得混合体系中,胰酶的终浓度为0.2%,毛地黄皂苷的终浓度为0.01%;NaCl、MgCl2、Tris-HCl、MnSO4、DTT、BSA的终浓度分别为200mM、10mM、15mM、5mM、2mM、0.2%,全能核酸酶以及HL-SAN的终浓度分别为200U/mL和300U/mL;
以上百分比的单位为g/mL。
8.如权利要求7所述的方法,其特征在于,步骤(2)中所述混匀为震荡混匀。
9.如权利要求7或8所述的方法,其特征在于,步骤(2)中所述孵育为37℃温浴10min。
10.如权利要求1~6任一项所述的试剂盒在宏基因组去宿主化测序文库中的应用;所用样本选自痰液、肺泡灌洗液、脑脊液、组织以及胸腹水中的一种或多种。
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