[发明专利]一种基因突变位点影响剪接可能性的评估处理方法

说明书

本发明公开了一种基因突变位点影响剪接可能性的评估处理方法，包括以下步骤：将待测突变位点导入分析软件，获取突变位点剪接可能性数据；配置各分析软件对应的权重因子；为分析软件配置权重因子，建立评估模型，计算可行性总得分，给出可行性判断；对待测突变位点进行迷你基因实验，得到实验结果；直至所述的可行性判断与实验结果无偏差，则以该可行性判断评估待测突变位点的影响剪接可能性。本发明通过整合不同文献和数据库，逐级优化各评分项的权重因子，对突变位点剪接可能性进行评估，并通过进一步的实验对比，使得突变位点剪接可能性的评估更加准确、客观、快速；评价结果更加全面。

技术领域

本发明属于基因工程领域，涉及一种基因突变位点影响剪接可能性的评估处理方法。

背景技术

随着遗传病患者样本中所检测基因数目的快速增加,临床分子实验室检测到越来越多新的序列变异。

美国医学遗传学与基因组学学会(The American College of Medical Geneticsand Genomics,ACMG)于2015年重新制定的遗传变异分类标准与指南针(下称ACMG指南)对突变的致病性评级进行了明确的规定，其中，ACMG针对剪接位点变异这一类重要的突变类型提供了基于生物信息学计算预测的评估指导,但并没有提供明确的评分依据以及相应的实验建议。

剪接位点分为经典剪接位点和非经典剪接位点，经典剪接位点是指：外显子剪切位点的供体/受体位点改变,从而可能导致外显子丢失、缩短,也可能会使内含子序列变成外显子部分。非经典剪接位点是指：在非外显子剪切位点的供体/受体位点改变，对是否影响剪接及影响程度不明确。

无论是哪种剪接位点突变类型，其剪接后产生的异常转录本都是无法用软件进行确认，仍需要通过实验手段进行验证，面对大量的剪接位点，确切需要一种准确、客观、快速的剪接影响可能性评估方法以对实验选择进行指导。

发明内容

本发明目的在于提供一种基因突变位点影响剪接可能性的评估处理方法，通过整合不同文献和数据库，并利用实验验证，使突变位点剪接可能性的评估准确、客观、快速。

为达成上述目的，本发明提出如下技术方案：

一种基因突变位点影响剪接可能性的评估处理方法，包括以下步骤：

通过公共数据库，排除已报道的明确影响剪接的突变位点和不影响剪接的突变位点；同时，排除会明确导致功能丧失的突变位点；

将待测突变位点导入分析软件，获取突变位点剪接可能性数据；所述分析软件是指现有技术中能够分析突变位点剪接可能性的软件；

配置各分析软件对应的权重因子；

为分析软件配置权重因子，根据不同分析软件的权重因子和突变位点剪接可能性数据，建立评估模型，计算待测突变位点对应的建模可行性总得分，给出可行性判断；

对待测突变位点进行迷你基因实验，得到实验结果；

若所述的可行性判断与实验结果有偏差，则返回权重因子配置步骤，调整权重因子；直至所述的可行性判断与实验结果无偏差，则以该可行性判断评估待测突变位点的影响剪接可能性。

作为对本发明的进一步改进，根据各分析软件对应的权重因子和突变位点剪接可能性的数据得分，得到加权和，所述加权和为所述突变位点的可行性总得分。

作为对本发明的进一步改进，所述公共数据库为pubmed数据库。

作为对本发明的进一步改进，所述会明确导致功能丧失的突变位点以突变类型和/或突变位置进行筛选。

作为对本发明的进一步改进，所述会明确导致功能丧失的突变位点包括突变类型为片段缺失、无义突变或移码突变的突变位点。