[发明专利]一种构建高检测性能捕获文库的方法和试剂盒有效
申请号: | 202111052998.6 | 申请日: | 2021-09-09 |
公开(公告)号: | CN113493932B | 公开(公告)日: | 2021-12-03 |
发明(设计)人: | 陈迪;李东宁;张建光 | 申请(专利权)人: | 北京贝瑞和康生物技术有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C40B40/06 |
代理公司: | 北京市金杜律师事务所 11256 | 代理人: | 孟凡宏 |
地址: | 102299 北京市昌平区*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 构建 检测 性能 捕获 文库 方法 试剂盒 | ||
1.一种构建适用于二代测序平台的捕获文库的方法,包括以下步骤:
(1)获得片段化的DNA;
(2)将片段化的DNA与Y型接头连接,获得预文库;
(3)将预文库与杂交探针进行杂交,所述杂交探针为生物素标记的探针,然后加入链霉亲和素磁珠进行捕获,获得杂交产物;
(4)杂交产物洗脱,获得捕获文库;
其中所述步骤(4)包括:
步骤(4a):对杂交产物进行碱变性;
步骤(4b):孵育;
步骤(4c):去除磁珠;和
步骤(4d):中和;
其中所述方法不包括PCR扩增;
并且其中步骤(4a)中,在杂交产物中加入碱试剂,进行碱变性,解开探针与目的片段形成的双链;其中,加入碱试剂后的体系pH值为11-14。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述片段化的DNA选自天然存在的短片段DNA或通过人工打断基因组DNA获得的短片段DNA。
3.根据权利要求2所述的方法,其中所述天然存在的短片段DNA选自外周血游离DNA、肿瘤游离DNA或自然降解的基因组DNA;所述人工打断基因组DNA通过超声处理、机械打断或通过酶切实现。
4.根据权利要求1所述的方法,其中所述片段化的DNA源自下组的样本:血液、血清、血浆、关节液、精液、尿液、汗液、唾液、粪便、脑脊液、腹水、胸水、胆汁或胰腺液。
5.根据权利要求1-4任一项所述的方法,其中所述片段化的DNA长度为150-400bp。
6.根据权利要求1所述的方法,还包括在步骤(1)后,将获得的片段化的DNA进行末端修复和/或末端加A的步骤。
7. 根据权利要求1所述的方法,其中所述Y型接头是长Y型接头,包括扩增引物、index标签序列、read 1/read 2测序引物和index read 测序引物。
8.根据权利要求1所述的方法,其中步骤(4a)中碱变性所用的碱试剂选自下组中的一种或多种:NaOH、KOH、氢氧化锂、氢氧化钙、氢氧化镁、氨水、碳酸锂、碳酸钠、碳酸钾、碳酸氢钠、碳酸氢钾、碳酸氢铵、甲醇钠、甲醇钾、乙醇钠、乙醇钾、叔丁醇钠或叔丁醇钾。
9.根据权利要求8所述的方法,其中所述碱试剂浓度为0.05M-1M。
10.根据权利要求1所述的方法,所述步骤(4d)中,采用中和剂中和,所述中和剂选自Tris-HCl、乙酸、柠檬酸盐缓冲液、磷酸盐缓冲液或乙酸盐缓冲液中的一种或多种。
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