[发明专利]circRNA检测方法、计算机程序产品及系统

权利要求书

1.一种circRNA检测方法，包括：

从待测样品中筛选出符合预定品质的目标样品；

基于所述目标样品与参考基因组的比对关系，选择出候选circRNA；

从所述候选circRNA中选出待重注释circRNA，其中所述待重注释circRNA的起始碱基与参考circRNA数据库中的已知circRNA的起始碱基相对于所述参考基因组的绝对位置差不大于第一阈值，并且所述待重注释circRNA的终止碱基与所述已知circRNA的终止碱基相对于所述参考基因组的绝对位置差不大于第二阈值；以及

基于所述已知circRNA的信息为所述待重注释circRNA添加注释信息。

2.根据权利要求1所述的circRNA检测方法，其中，所述第一阈值和所述第二阈值被设置为：随着所述第一阈值和/或所述第二阈值的增加，所述候选circRNA中能够匹配到所述参考circRNA数据库中的已知circRNA的数量变化曲线的拐点值。

3.根据权利要求1所述的circRNA检测方法，其中，所述第一阈值和所述第二阈值在0至5之间。

4.根据权利要求3所述的circRNA检测方法，其中，所述第一阈值和所述第二阈值在3至5之间。

5.根据权利要求3所述的circRNA检测方法，其中，所述第一阈值和所述第二阈值均为5。

6.根据权利要求3所述的circRNA检测方法，其中，所述第一阈值和所述第二阈值均为3。

7.根据权利要求1所述的circRNA检测方法，其中，基于所述目标样品与参考基因组的比对关系，选择出候选circRNA包括：

将所述目标样品与所述参考基因组进行匹配，并从所述目标样品中的、无法匹配到所述参考基因组的序列中选出所述候选circRNA。

8.根据权利要求1所述的circRNA检测方法，其中，基于所述已知circRNA的信息为所述待重注释circRNA添加注释信息包括：

基于所述待重注释circRNA的起始碱基与所述已知circRNA的起始碱基相对于所述参考基因组的绝对位置差，以及所述待重注释circRNA的终止碱基与所述已知circRNA的终止碱基相对于所述参考基因组的绝对位置差，标记所述待重注释circRNA与所述已知circRNA的相似度。

9.根据权利要求7所述的circRNA检测方法，其中，从所述目标样品中的、无法匹配到所述参考基因组的序列中选出所述候选circRNA，包括：

分别使用find_circ软件和CIRCexplorer2软件基于反向剪切点将所述无法匹配到所述参考基因组的序列与所述参考基因组重新进行比对，选择出所述候选circRNA，其中，所述候选circRNA是以下两组候选circRNA的交集：使用所述find_circ软件基于重新比对结果选择出的第一候选circRNA；以及使用所述CIRCexplorer2软件基于重新比对结果选择出的第二候选circRNA。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的circRNA检测方法，其中，所述circRNA检测方法还包括：

基于开放阅读框和内部核糖体进入位点预测添加注释信息后的所述待重注释circRNA的编码潜能。