[发明专利]一组评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记及其筛选方法和应用

权利要求书

1.一组评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记，其特征在于，

包括分子标记组1：ALPL,ANPEP,AQP1,CAPN3,CSDC2,DPEP1,ENPEP,FRMD1,GDA,GLYAT,GREB1,HNF4A,IGFBP4,IQSEC3,KBTBD11,MME,PCK1,SLC12A7,SLC47A1,SLC6A13,SLC6A19,TMEM200A及ZEB2；

或包括分子标记组2：B4GALNT3,EHF,GATA3,GRHL2,HK1,MECOM及TFAP2A；

或包括分子标记组3：ALPL,ANPEP,AQP1,CAPN3,CSDC2,DPEP1,ENPEP,FRMD1,GDA,GLYAT,GREB1,HNF4A,IGFBP4,IQSEC3,KBTBD11,MME,PCK1,SLC12A7,SLC47A1,SLC6A13,SLC6A19,TMEM200A,ZEB2,B4GALNT3,EHF,GATA3,GRHL2,HK1,MECOM及TFAP2A。

2.一种评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤(1)：鉴定肾乳头状细胞癌的细胞起源；

步骤(2)：基于基因开放染色质活性评分对肾乳头状细胞癌不同的起源细胞类型进行差异分析，得到不同起源细胞类型各自的分子特征；

步骤(3)：基于基因开放染色质活性评分对具有不同细胞起源的肾乳头状细胞癌亚型进行差异分析，得到具有不同细胞起源的肾乳头状细胞癌亚型各自的分子特征；

步骤(4)：将肾乳头状细胞癌亚型的分子特征与其对应的起源细胞类型的分子特征进行找交集的运算，得到肾乳头状细胞癌源自细胞起源的分子特征，该分子特征为评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记；

所述起源细胞类型包括近端肾小管细胞和远端集合管主细胞。

3.根据权利要求2所述的一种评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记的筛选方法，其特征在于，还包括：

步骤(5)：合并步骤(4)得到的不同肾乳头状细胞癌亚型源自细胞起源的分子特征，该分子特征为评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记。

4.根据权利要求2或3所述的一种评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记的筛选方法，其特征在于，

步骤(1)中，所述鉴定肾乳头状细胞癌细胞起源的方法基于染色质可及性图谱利用相关性分析及岭回归相似性得分为肾乳头状细胞癌样本确定细胞起源；

和/或步骤(2)中，起源细胞类型之间的基因开放染色质活性评分的差异分析包括：利用单细胞分析软件Seurat R包的“FindAllMarkers”函数对近端肾小管细胞和远端集合管主细胞之间的基因开放染色质活性评分进行分析，并以‘pct.10.5,avg_logFC0.5’为标准提取起源细胞各自的分子特征；

和/或步骤(3)中，不同细胞起源的肾乳头状细胞癌亚型之间的基因开放染色质活性评分的差异分析包括：利用差异分析软件edgeR R包对肾乳头状细胞癌亚型进行基因开放染色质活性评分的差异分析，并以‘abs(logFC)1,FDR0.05,logCPM5’为标准得到肾乳头状细胞癌亚型各自的分子特征。

5.根据权利要求4所述的一种评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记的筛选方法，其特征在于，所述基因开放染色质活性评分是利用基因调控网络为每个基因计算基因开放染色质活性评分。

6.根据权利要求5所述的一种评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记的筛选方法，其特征在于，所述起源细胞类型的基因调控网络是利用单细胞染色质可及性图谱的共可及性为起源细胞类型构建的基因调控网络。

7.根据权利要求6所述的一种评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记的筛选方法，其特征在于，所述调控网络的构建基于基因主体的开放染色质活性而非基于基因转录起始位点的开放染色质活性。

8.权利要求1所述一组评估肾乳头状细胞癌进展风险的分子标记在制备用于诊断、评估肾乳头状细胞癌的试剂、试剂盒、诊断模型或诊断设备中的应用。