[发明专利]一种鸭线粒体COI基因扩增引物及其应用

说明书

本发明涉及鸭类生物线粒体基因获取技术领域，具体公开了一种鸭线粒体COI基因扩增引物及其应用，该引物序列为：上游引物序列COI‑F：5'‑CCATCTTACCCGTGACCT‑3'；下游引物序列为COI‑R：5'‑TGGCTTGAAACCAGTGTA‑3'。本发明的一种鸭线粒体COI基因扩增引物可使获得的鸭线粒体COI基因片段长度增加至1551bp左右，且该引物具有条带单一、扩增效率高的特点，能够更好地满足后续鸭线粒体基因组研究以及鸭群体遗传多样性评估的需要。

技术领域

本发明属于鸭类生物线粒体基因获取技术领域，具体涉及一种鸭线粒体COI基因扩增引物及其应用。

背景技术

肉鸭产业是我国畜牧业的重要组成部分。鸭肉在我国是继猪肉和鸡肉之后的第三大肉类产业。2020年，我国肉鸭出栏量达到46.8亿只，占全球总出栏量80％以上，肉鸭产量超过1050万吨，产值超过1250亿元，表明我国对鸭肉需求在上升。此外，鸭在社会文化和生物医学研究中也发挥着重要作用。地方鸭种是一种宝贵的遗传资源，它们对当地环境的高度适应性使它们能够很好地生存。

由于世界范围内的选择和驯化，地方鸭种具有很大的遗传多样性。物种内部的遗传多样性可以提高对恶劣环境的适应能力和对疾病的抵抗力。地方鸭品种也可用于增加其他鸭以及纯种商业鸭品种的现有遗传多样性。目前，由于大量引入外来品种，使得地方鸭的遗传多样性减少。因此，需要加强对地方鸭遗传多样性的保护。

线粒体DNA(mitochondrial DNA，mtDNA)是存在于细胞质中，其具有分子结构简单、无重组、与核基因无共同序列，进化速度快、母系遗传等特点。由于mtDNA基因排列紧凑，几乎没有间隔序列和内含子，易采用通用引物进行PCR扩增获得目的基因片段。因此，线粒体基因可作为重要的分子标记用于生物分子种群遗传学和分子系统学的研究。目前，常用于分子标记的线粒体基因是COI基因，COI条形码已在很多动物中使用。Hebert等(2003)研究表明，利用COI基因进行鸟类不同品种分子鉴定具有一定的可行性。黄勋和等(2016)认为COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。陆俊贤等(2020)认为鸽COI基因突变较少，相对较为保守，可以作为遗传标记研究遗传多样性和起源。但关于鸭COI基因还没有广泛使用且特异性较好的通用引物。因此，筛选特异性较好的COI基因引物能够对鸭的遗传多样性评估和种质资源的保护与开发利用提供技术条件。

基于上述内容，提出一种鸭线粒体COI基因扩增引物及其应用。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供了一种鸭线粒体COI基因扩增引物及其应用。

本发明通过以下技术方案来实现上述目的：

本发明提供了一种鸭线粒体COI基因扩增引物，该引物序列为：

上游引物序列为COI-F：5'-CCATCTTACCCGTGACCT-3'；

下游引物序列为COI-R：5'-TGGCTTGAAACCAGTGTA-3'。

本发明还提供了一种上述鸭线粒体COI基因扩增引物在在鸭的遗传多样性研究和种质资源的保护开发中的应用。

本发明还提供了一种上述鸭线粒体COI基因扩增引物的设计方法，包括以下步骤：

登陆美国国立生物技术信息中心下载已有绿头野鸭线粒体基因组全序列，序列号为NC_009684.1；

在下载的所述线粒体基因组序列中定位COI基因的位置，其两端各延伸100bp，并保存此部分序列；

在所获得的序列中用引物设计软件Primer Premier 6.0进行上下游引物的设计。