[发明专利]一种微生物组学数据交互分析系统在审
申请号: | 202110984306.5 | 申请日: | 2020-12-02 |
公开(公告)号: | CN113643757A | 公开(公告)日: | 2021-11-12 |
发明(设计)人: | 张智闵;杨荣;陈贵松;黄立;谢燕荣;詹太平;蒋华 | 申请(专利权)人: | 广东美格基因科技有限公司 |
主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00;G16B40/30 |
代理公司: | 杭州信与义专利代理有限公司 33450 | 代理人: | 万景旺 |
地址: | 518112 广东省深圳市西丽街道*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 微生物 数据 交互 分析 系统 | ||
1.一种微生物组学数据交互分析系统,包括用户界面模块、数据分析模块、数据库模块,其特征在于,还包括弹性伸缩计算模块,其中,
所述用户界面模块用于获取用户输入信息,并将所述用户输入信息发送至所述数据分析模块,所述用户输入信息包括:项目信息、微生物组学数据信息、参考数据库类型信息和分析参数信息,还用于显示分析的中间过程和最终分析结果;
所述数据分析模块,与所述用户界面模块连接,用于根据数据库类型信息和分析参数信息对所述微生物组学数据进行分析,并将分析中间过程和最终分析结果发送至用户界面模块;
所述数据库模块,与所述数据分析模块连接,用于存储或下载参考数据库;
所述弹性伸缩计算模块,分别与用户界面模块和数据分析模块连接,用于根据所述项目信息为所述数据分析模块配置计算资源。
2.根据权利要求1所述的系统,其特征在于,所述用户界面模块还用于在分析运行过程中,对数据库类型信息和/或分析参数信息进行可视化修改。
3.根据权利要求1所述的系统,其特征在于,还包括分析时间预测模块,与所述用户界面模块连接,用于根据微生物组学数据信息、参考数据库类型信息和分析参数信息,预测分析所需时间,并发送至所述用户界面模块,所述用户界面模块还用于显示所述预测分析所需时间。
4.根据权利要求3所述的系统,其特征在于,
所述项目信息包括项目编号、项目名称、样本数量;
所述数据库类型信息包括选定的微生物组学分析参考数据库类型,所参考数据库选自包括gg_16s_13.5、silva_16s_v123、ltp_16s_v123、rdp_16s_v16、Rdp_16s_v16_sp、silva_18s_v123、rdp_its_v2和utax_reference的组中的一种;
所述分析参数信息包括聚类方式、CPU数目和分组数,所述聚类方式选自uparse、unoise3和uclust中的一种。
5.根据权利要求4所述的系统,其特征在于,所述分析时间预测模块根据以下公式计算分析运行时间:
T=α×A+(β1×B1+β2×B2+β3×B3)+γ×C+(δ1×D1+δ2×D2)+ε×E+ζ
其中,
T表示分析运行时间(min);
A表示样本数量,取值为正整数;
B1、B2、B3取值分别为0或1,取值为1时分别表示采用uparse、unoise3和uclust的聚类方式,取值为0时表示不采用相应的聚类方式;
C表示CPU数目,取值为正整数;
D1=0且D2=1,表示数据库类型为:gg_16s_13.5或silva_16s_v123,D1=1且D2=0时,表示数据库类型为:ltp_16s_v123、rdp_16s_v16、Rdp_16s_v16_sp、silva_18s_v123、rdp_its_v2或utax_reference;
E表示分组数,取值为正整数,
α、β1、β2、β3、γ、δ1、δ2、ε和ζ为相应的系数,其是根据多批量微生物组学数据分析,然后根据A、B1、B2、B3、C、D1、D2、E的数值和实际分析运行时间T统计得到的。
6.根据权利要求5所述的系统,其特征在于,所述统计基于多元线性回归分析。
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