[发明专利]一种核酸适体筛选方法在审
| 申请号： | 202110921675.X | 申请日： | 2021-08-13 |
| 公开（公告）号： | CN113699215A | 公开（公告）日： | 2021-11-26 |
| 发明（设计）人： | 涂景;李王玥;乔祎;罗雨菡 | 申请（专利权）人： | 东南大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6811 | 分类号： | C12Q1/6811 |
| 代理公司： | 南京苏高专利商标事务所(普通合伙) 32204 | 代理人： | 冒艳 |
| 地址： | 211102 江*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 核酸 筛选 方法 | ||
1.一种核酸适体筛选方法，其特征在于：包括如下步骤：
(1)将待检验的核酸样品分为两组，第一组核酸样品在不含靶物质的条件下进行扩增，或不进行扩增，第二组核酸样品在含有靶物质的条件下进行扩增；
(2)对扩增后的两组核酸样品分别进行测序；
(3)测序完成后，比较两组核酸样品中核酸序列的覆盖深度差异，找出第二组中覆盖深度明显下降的核酸序列，筛选出候选核酸适体。
2.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(1)中待检验的核酸样品为真核生物、原核生物或病毒的天然DNA或RNA或来自于人工合成的核酸序列。
3.根据权利要求2所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述人工合成的核酸序列是一组固定序列的核酸序列的组合或一组由简并碱基构成的核酸序列或两者的结合。
4.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(1)中的靶物质为金属离子、其他无机离子、有机小分子或有机大分子。
5.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(1)中的靶物质浓度范围为0.1pM-2mM。
6.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(1)中核酸扩增包括基于PCR的扩增反应或等温扩增反应或PCR和等温相结合的扩增反应。
7.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(2)中测序是指第一代测序技术、高通量测序技术或单分子测序技术。
8.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(3)中核酸序列的覆盖深度，是测序结果中比对到目标序列的碱基总数与目标序列区域大小的比值。
9.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(3)中比较两组核酸样品中核酸序列的覆盖深度差异，是指对所述两组核酸样品各个核酸序列和碱基位置的覆盖深度分别进行统计，比较两组核酸样品中核酸序列的覆盖深度差异。
10.根据权利要求1所述的核酸适体筛选方法，其特征在于：所述步骤(3)中所述覆盖深度明显下降，是指在第二组中覆盖深度相较于第一组下降50％及以上，且这种下降持续超过10个碱基。
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