[发明专利]引物组、包含该引物组的试剂盒以及该引物组的用途

说明书

本发明公开了用于检测SMA等相关突变位点的引物组、包含该引物组的试剂盒以及该引物组的用途。

本申请是申请日为2020年12月7日、申请号为202011428705.5、发明名称为“引物组、包含该引物组的试剂盒以及该引物组的用途”的发明专利申请的分案申请。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，更特别涉及引物组、包含该引物组的试剂盒以及该引物组的用途。

背景技术

SMA是严重困扰人类的典型性疾病，其特点是：(1)是国家第一批罕见病名录中列入的疾病；(2)早诊早筛意义重大，一旦致死，致残比例较高；(3)SMA致病率为万分之0.6-2；(4)致病机理和位点明确。

现有技术中，可以通过基因检测技术对这种疾病的热门点突变进行检测，来诊断是否患病。概括而言，可以具体使用的基因检测技术包括MLPA、RT-PCR以及NGS。这些基因检测技术优缺点如下表所示：

由上表可见，MLPA、RT-PCR以及NGS均存在流程复杂且成本高的缺点。

与此同时，MassArray技术是通过单碱基延伸，利用差异碱基间分子量的差异来区分检测位点的方法，其能直接准确的检测所测检点碱基类型，特异性强；不使用荧光探针，避免了相似位点的荧光干扰，检测结果精确。该技术可以实现一个反应完成实验，不使用荧光探针，实验成本低。

因此，需要提供一种利用MassArray技术对SMA进行基因检测，进而实现以下优点：一个反应即可对多个基因位点突变进行测定、排除了反应孔之间的干扰、操作简单、筛查成本低、对样本要求低，干血斑、全血标本均能很好检出且适合普筛。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明的第一方面提供用于检测SMA中相关突变位点的引物组，其中所述引物组包括扩增引物和延伸引物，所述扩增引物的序列如SEQ ID Nos.:7-12所示，所述延伸引物的序列如SEQ ID Nos.:60-62所示。

本发明的第二方面提供一种用于检测SMA中相关突变位点的试剂盒，其包括根据第一方面所述的引物组。

在一种实施方案中，根据本发明第二方面所述的试剂盒还包括PCR扩增反应试剂、碱性磷酸酶处理试剂和单碱基延伸反应试剂。

在一种实施方案中，根据本发明第一方面所述的引物组或根据本发明第二方面所述的试剂盒，其中所述突变位点的信息为SMA1 E7:NM_000344.4:c.840CT、SMA2 E7:NM_017411.4:c.840TC、SMA1 E8:NM_000344.4:c.*239＝、SMA2 E8:NM_017411.4:c.*239＝。

本发明的第三方面提供根据本发明第一方面所述的引物组在制备用于筛查SMA的试剂盒中的用途。

在一种实施方案中，本发明的第三方面所述的用途中，所述筛查SMA包括以下步骤：

S1.从样本中提取DNA；

S2.利用本发明第一方面所述的所述的扩增引物和上述步骤S1中所述的DNA进行多重PCR扩增反应；

S3.对上述步骤S2的扩增产物进行去磷酸化反应；

S4.使用本发明第二方面所述的所述的延伸引物对上述步骤S3获得的产物进行延伸反应；

S5.对上述步骤S4获得的产物进行纯化；

S6.通过MassArray技术测量上述步骤S5获得的纯化产物中被延伸的延伸引物的分子量，并利用差异碱基间分子量的差异检测所述相关突变位点的碱基类型；