[发明专利]用于肉制品中动物种源成分筛查的DNA宏条形码检测靶标序列、检测试剂盒及检测方法在审
申请号: | 202110889482.0 | 申请日: | 2021-08-04 |
公开(公告)号: | CN113430279A | 公开(公告)日: | 2021-09-24 |
发明(设计)人: | 刘榜;王心一;周翔;王文君;吴清清 | 申请(专利权)人: | 华中农业大学 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11 |
代理公司: | 北京智为时代知识产权代理事务所(普通合伙) 11498 | 代理人: | 王加岭;杨静 |
地址: | 430070 湖北省武汉市洪山*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 肉制品 物种 成分 dna 条形码 检测 靶标 序列 试剂盒 方法 | ||
1.用于肉制品中动物种源成分筛查的DNA宏条形码检测靶标序列,其特征在于,DNA宏条形码靶标序列为线粒体16S rRNA基因上的一个片段,在23个目标物种中该片段长度为368bp~384bp,根据不同物种在该片段序列中的差异即可实现区分物种的目的。
2.根据权利要求1所述的DNA宏条形码检测靶标序列,其特征在于,DNA宏条形码靶标序列通过通用引物的序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示对23种动物的基因组DNA扩增获得,其中,序列SEQ ID No.1中碱基M代表简并碱基A/C,碱基Y代表简并碱基C/T,碱基R代表简并碱基A/G;
SEQ ID No.1:5’-MAYAAGACGAGAAGACCCTRTG-3’
SEQ ID No.2:5’-CGGTCTGAACTCAGATCACGTA-3’。
3.用于肉制品中动物种源成分筛查的DNA宏条形码的通用引物,其特征在于,所述通用引物的序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示,其中,序列中碱基M代表为简并碱基A/C,碱基Y代表为简并碱基C/T,碱基R按照简并碱基A/G;
SEQ ID No.1:5’-MAYAAGACGAGAAGACCCTRTG-3’
SEQ ID No.2:5’-CGGTCTGAACTCAGATCACGTA-3’。
4.根据权利要求3所述的通用引物,其特征在于,所述动物种源成分的筛查包括对牦牛,普通牛,水牛,山羊,绵羊,马鹿,梅花鹿,猪,驴,马,狗,貉子,狐狸,水貂,猫,兔,豚鼠,小鼠,大鼠,仓鼠,鸡,鸭,鹅的筛查。
5.用于肉制品中动物种源成分筛查的检测试剂盒,其特征在于,其包括如权利要求3或4所述的通用引物。
6.根据权利要求5所述的检测试剂盒,其特征在于,其还包括:Prime STAR GXL DNA酶、dNTPs、5×Prime STAR GXL缓冲液、双蒸水。
7.一种用于肉制品中动物种源成分筛查的检测方法,其包括如下步骤:
S1、提取样品的DNA;
S2、采用上述检测试剂盒对提取的DNA进行PCR扩增;并将扩增产物回收、纯化;
S3、将纯化好的扩增产物构建测序文库,进行二代测序;
S4、将测序结果进行比对或生物信息学分析,确定被检样品的种源成分;其中,动物种源的成分用于包括对牦牛,普通牛,水牛,山羊,绵羊,马鹿,梅花鹿,猪,驴,马,狗,貉子,狐狸,水貂,猫,兔,豚鼠,小鼠,大鼠,仓鼠,鸡,鸭,鹅的筛查。
8.根据权利要求7所述的检测方法,其特征在于,步骤S2中,所述PCR扩增的反应体系包括双蒸水11.2μL,0.4μL如SEQ ID No.1所示的正向引物,0.4μL如SEQ ID No.2所示的反向引物,2μLDNA模板;0.4μL的Prime STAR GXL DNA Polymerase;1.6μL的dNTPs;4μL的5×Prime STAR GXL Buffer,其中,正向引物与反向引物的浓度为10μL mol/L。
9.根据权利要求7所述的检测方法,其特征在于,步骤S2中,PCR扩增的反应条件为98℃变性10s,60℃退火15s,68℃延伸30s,共30个循环,置4℃保存。
10.根据权利要求7所述的检测方法,其特征在于,步骤S3中所述生物信息学分析步骤为:
①采用FastQC版号为v0.11.7对测序结果的质量进行分析,包括碱基质量、碱基含量分布、GC含量分布、测序数据平均质量;
②采用AdapterRemoval版号为v2.2.2,去除3'端的接头序列,对数据长度及质量进行过滤;
③根据重叠片段信息,利用FLASH版号为v1.2.11的软件进行短片段拼接;
④使用Cutadapt版号为v3.2,切除两端的引物序列,过滤其余无关序列;
⑤利用Vsearch版号为v2.14.1,去除扩增过程中产生的嵌合序列和冗余序列并过滤长度小于300bp或大于450bp的数据;
⑥经过质控、去冗余、去嵌合体之后,通过NCBI BLAST对结果文件中的代表性DNA序列进行物种注释,相似度最高且在99%以上的物种即为样品内所含种源成分。
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