[发明专利]基因标志物组合在制备用于检测儿童实体瘤的探针组合和/或试剂盒和/或系统中的应用

说明书

本发明公开了一种基因标志物组合在制备用于检测儿童实体瘤的探针组合和/或试剂盒和/或系统中的应用，所述基因标志物组合包括：第一基因标志物组合，用于检测单核苷酸变异SNV、插入和缺失INDEL和拷贝数变异CNV；和第二基因标志物组合，用于检测融合基因变异FUSION的基因标志物组合。本发明囊括当前儿童实体瘤常见肿瘤类型中的热点变异类型，能够同时检测基因融合，基因突变和基因拷贝数变异。相比于单独检测WES，RNAseq和CNV能一次性综合的检测变异位点，对疾病能够综合评估，为儿童实体瘤辅助诊断，预后评估和靶向用药提供依据。

技术领域

本发明涉及分子生物学分析检测技术领域，涉及一种基因标志物组合在制备用于检测儿童实体瘤的探针组合和/或试剂盒和/或系统中的应用。

背景技术

儿童肿瘤是指发病年龄低于15岁的患者所患的肿瘤，相对于成人，发病率略低。与成人相比，其生长与转移，治疗方法和治疗效果都有所不同。多数恶性程度高、发病隐匿，局部浸润和全身转移发生早，预后与病理、临床分期、基因状态等生物学特性密切相关。儿童肿瘤与成人肿瘤在发病机制、组织来源、基因驱动等方面存在较大差异，这也导致儿童肿瘤在疾病类型、症状、治疗方案与成人不同的主要原因。儿童肿瘤分为两大类，血液淋巴系统肿瘤和实体肿瘤，前者主要包括儿童白血病和淋巴瘤，约占45％。后者主要包括儿童中枢神经细胞肿瘤、以神经母细胞瘤为代表的母细胞瘤类、以横纹肌肉瘤为代表的肉瘤类、生殖细胞瘤以及少见实体瘤，占儿童肿瘤的50％以上。据相关统计，除了意外导致的死亡之外，现在儿童肿瘤已经逐渐成为了导致儿童死亡的第二大主要死因。根据最新的数据显示，近年来我们的国家每年都会新增多达四万患有肿瘤的儿童，而且患病比例逐年上升。在儿童肿瘤诊断方面，由于早期认知不足和错误的诊断以及缺少发病早期的筛查机制，儿童肿瘤患者的最佳治疗时间总是被耽误错过。除常规检测外，儿童肿瘤基因检测的辅助诊断也十分重要。有两项研究针对2600多例儿童肿瘤案例进行基因组分析，在第一项研究中，儿童肿瘤的突变频率和突变类型远远低于成人。儿童肿瘤往往由单个基因突变引起，且不同类别的肿瘤突变不同，成人肿瘤往往是由多个基因累积突变引起；儿童肿瘤具有更多的生殖细胞突变，50％的原发性儿童肿瘤含有潜在的靶向遗传事件，表明遗传易感性与儿童期肿瘤具有相关性。研究中发现的儿童肿瘤驱动突变中，只有30％在成人肿瘤中被报道；50％的儿童肿瘤含有预测编码药物靶点的遗传变化。在第二项研究中同样也证明了许多儿童肿瘤中的驱动基因在成人中尚未报道过(45％)，同时还发现儿童肿瘤的遗传事件62％是结构改变和拷贝数变化，不是点突变。这两项研究表明儿童肿瘤的辅助诊断和治疗与成人不同，其驱动基因和遗传特性与成人相差过大，需要重新评估成人抗肿瘤靶向药。

在儿童肿瘤基因检测上，高通量测序应用也十分广泛，在血液淋巴系统疾病检测中，二代测序作为新的分子生物学技术，具有通量高，灵敏度搞、成本低等优势，是探索血液肿瘤的分子发病机制并指导临床诊断的重要手段。血液肿瘤中常见的分子生物学一场包括基因突变，融合及基因异常表达。因此常用全转录组测序RNAseq来检测，同时也有公司开发DNA+RNA共检如迈杰医学HEMECDx来靶向检测融合和基因突变等，提高灵敏度和特异性。

而在儿童实体瘤方面，可用常规的WES/RNAseq来检测，但更为灵敏的定向的靶向检测儿童实体瘤的panel目前在国内较为少见，在辅助诊断和靶向指导用药方面这一方面存在欠缺。因此，急需开发出靶向检测儿童实体瘤的panel。

发明内容

针对现有技术所存在的技术问题，本发明提供了一种基因标志物组合在制备用于检测儿童实体瘤的探针组合和/或试剂盒和/或系统中的应用，可以检测SNV,INDEL,CNV和基因融合等多种类型的生物标志物能够更为灵敏和针对性的抓取与疾病相关的基因，从而更高效地检测出对诊断、治疗有指导意义的基因变异。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

在本发明实施例的第一方面，提供了一种基因标志物组合在制备用于检测儿童实体瘤的探针组合和/或试剂盒中的应用，所述基因标志物组合包括：