[发明专利]苦楝树缩叶病毒全基因组序列及其检测方法

说明书

本发明公开了苦楝树缩叶病毒全基因组序列及其检测方法。该病毒全基因组序列如序列表SEQNO:1所示；该病毒的全基因组序列包含编码gp1、gp2、gp3以及gpY四个蛋白的核苷酸序列，四个核苷酸序列分别如序列表SEQ NO:2‑5所示，gp1、gp2、gp3以及gpY的氨基酸序列分别如SEQ NO:6‑9所示。本发明还提供了检测所述苦楝树缩叶病毒的特异性检测引物，本发明设计的引物具有特异性强、结果可靠，在普通PCR检测中都有稳定可靠的表现。

技术领域

本发明涉及测序和生物信息学技术领域，具体涉及一种苦楝树缩叶病毒全基因组系列及其检测方法

背景技术

苦楝树(Melia azedaeach L.)为楝科落叶乔木。原产于澳大利亚和东南亚，在我国常分布于四川、云南、贵州、江苏和浙江等省。该植物在湿润的沃土上生长迅速，对土壤要求不严，在酸性土、中性土与石灰岩地区均能生长，是平原及低海拔丘陵区的良好造林树种。苦楝树亦是药用植物，其全株或特定部位(叶、茎、根)均可入药，常用于治疗腹泻、糖尿病、风湿、高血压等疾病。目前苦楝的研究主要集中在栽培和药用活性方面，国内尚未发现感染苦楝的病毒。近期发现一种苦楝树病害普遍发生，呈爆发趋势，感病植株呈现症状植株矮小、叶片扭曲，防治形势不容乐观。如果任由该病害进一步传播蔓延，将会对我国林业带来很大影响。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术暂无苦楝树病毒病害报道，以及现阶段缺失苦楝树缩叶病毒的检测手段的问题，提供了苦楝树缩叶病毒全基因组序列及其检测方法和相关引物。

本发明首先提供了苦楝树缩叶病毒全基因组序列，其全基因组序列如序列表SEQNO:1所示；该病毒的全基因组序列包含编码gp1、gp2、gp3以及gpY四个蛋白的核苷酸序列，四个核苷酸序列分别如序列表SEQ NO:2-5所示，gp1、gp2、gp3以及gpY的氨基酸序列分别如SEQ NO:6-9所示。

另一方面，本发明提供了一种用于扩增所述苦楝树缩叶病毒全基因组序列的扩增引物，所述扩增引物包括两对扩展引物对，其序列如下：

CLSV-1-F：CTGCTAACTGGTTCTCCTTTCC(SEQ NO:10)；

CLSV-1-R：GATCCTGCTACGGGAACAAC(SEQ NO:11)；

CLSV-2-F：GGGTAAGTCTTGTTGATTACATTACTG(SEQ NO:12)；

CLSV-2-R：CCAAATCTCTGTATGCCTGATC(SEQ NO:13)。

本发明还提供了一种所述苦楝树缩叶病毒全基因组序列获取方法，其使用所述扩增引物进行扩增，包括如下步骤：

1)抽提病毒侵染组织的总DNA；

2)采用所述扩增引物，以所述总DNA为模板，进行PCR扩增；

3)回收PCR扩增得到的DNA产物，并将其连接到pLB平末端载体，进行DNA测序，得到苦楝树缩叶病毒全基因组序列。

所述步骤(3)中，回收长度为3223bp和3931bp的DNA产物。

另一方面，本发明以后了一种检测所述苦楝树缩叶病毒的特异性检测引物，所述特异性检测引物如下：

CLSV-d1-F：GAGAATGATGTATCCCACGG(SEQ NO:14)；

CLSV-d1-R：CCTGATCCTGAATATGTGTTGT(SEQ NO:15)。

本发明还提供了一种检测所述苦楝树缩叶病毒的方法，其特征在于使用所述特异性检测引物进行PCR检测。

优选的，所述检测方法包括以下步骤：