[发明专利]鉴定杨梅果实颜色性状的SNP分子标记引物及其应用

说明书

本发明公开了一组鉴定杨梅果实颜色性状的SNP分子标记引物及其应用，以期应用于杨梅果实颜色性状分子标记辅助选择。本发明提供一组可以快速鉴定杨梅果实颜色性状的分子标记引物，所述引物包括C2‑2021‑51‑F和C2‑2021‑51‑R，适用于荧光定量PCR仪等高通量分型检测平台，灵敏度高，可用于杨梅果实颜色性状的早期快速鉴定。本发明基于开发的分子标记引物组合提供用于辅助筛选优良杨梅种质资源的方法，在杨梅果实颜色性状表型预测上有重要的指导意义，具有操作简单、高效快速和成本低等优点。

技术领域

本发明涉及一组快速鉴定杨梅果实颜色性状的SNP分子标记引物及其应用，属于分子生物学领域。

背景技术

杨梅(Myrica rubra Sieb.and Zucc.)是原产我国南方的特色果树，果实富含花色素苷，具有较高的营养价值，鲜食与加工兼宜。根据杨梅果实成熟时表面颜色可分为白梅类、粉红梅类、红梅类、乌梅类等四类。其中，白杨梅果实发育过程中其果实直观颜色变化不明显，成熟时为白色，而白杨梅中品质佳者诸如‘水晶’杨梅品种，其果实扁圆球形，果面乳白色带光泽，风味佳，品质上等，市场售价普遍高于普通红梅类、乌梅类品种，发展前景好。因此，当前以选育优良白色杨梅品种为主要育种目标之一。然而，由于杨梅童期长(实生繁殖定植后8年以上)，在其进入结果期之前，尚无形态特征差异可以明示其果实颜色。因此，若通过常规手段确定杨梅白色果实育种材料是一件十分耗时的工作。现代生物技术的发展为杨梅果实颜色的早期预测鉴定提供一种有效的方法——DNA分子标记，利用与颜色相关的特异DNA分子标记完全有可能在短时间内对杨梅育种材料的果实颜色进行早期鉴定，从而可以大大加速育种的进程。因此，建立一种有效的分子标记组合及其检测方法，并实现高通量分型检测辅助筛选，成为本领域研究人员急需解决的问题之一。

相关研究(申请号：201811167375.1)基于杨梅花青苷生物合成转录因子MrMYB1基因型特征已成功开发了可以检测杨梅果实颜色性状的CAPS分子标记，但是由于该标记技术体系涉及酶切过程，技术门槛较高，操作过程繁琐，效率低，成本高；再者，该标记普适性仅通过少量杨梅品种样本群体验证，鉴于杨梅种质遗传背景差异较大，该标记是否适用大样本群体尚不可知。本发明中的杨梅果实颜色性状特异位点是经过杨梅当前地方主栽品种及优株群体(大于100份)DNA重测序结果，并展开全基因组关联分析(Genome wideassociation study，GWAS)获得，经过了较大样本杨梅品种群体验证，其鉴定准确性较为可靠。

发明内容

本发明的目的是提供一组可用于鉴定杨梅果实颜色性状的SNP分子标记引物及其应用。

为达到上述目的，本发明采用的技术方案为：鉴定杨梅果实颜色性状的分子标记引物，其特征在于所述引物包括C2-2021-51-F和C2-2021-51-R，具体序列为：

C2-2021-51-F：5’-CTTATGTTTCAGGTTTTGTGGCTTA-3’，

C2-2021-51-R：5’-AGTACTGTAAGAGTGGCAAAAATG-3’。

本发明还公开了上述的分子标记引物组合在鉴定杨梅果实颜色性状中的应用。

其步骤包括：

(1)引物合成：合成权利要求1所述的引物C2-2021-51-F和C2-2021-51-R；

(2)DNA的提取：提取杨梅叶片的基因组DNA；

(3)PCR扩增：基于上述杨梅叶片基因组DNA，使用步骤(1)合成的引物C2-2021-51-F和C2-2021-51-R进行PCR扩增，预先加入两个已确定果实颜色为白色的样本DNA作为内参；

(4)扩增产物检测与分析：对PCR产物进行基因型检测分析，若有PCR扩增产物出现且与内参样本聚集为一组者即可视为同一果实颜色类型，若没有任何PCR扩增产物出现者视为其他颜色类型，从而确定杨梅果实颜色性状。