[发明专利]一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒及其应用在审
| 申请号: | 202110731156.7 | 申请日: | 2021-06-29 |
| 公开(公告)号: | CN113637748A | 公开(公告)日: | 2021-11-12 |
| 发明(设计)人: | 隋启海;毕国澍;胡正阳;曾德军;赵梦男;王琳;詹成;林宗武 | 申请(专利权)人: | 复旦大学附属中山医院 |
| 主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;G16B40/20 |
| 代理公司: | 上海容慧专利代理事务所(普通合伙) 31287 | 代理人: | 于晓菁 |
| 地址: | 200032 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 用于 预测 肿瘤 患者 敏感性 试剂盒 及其 应用 | ||
1.一种用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒,其特征在于该试剂盒包含:miRcutemiRNA提取分离试剂盒、TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2试剂盒和TruSeq SR ClusterKitv3-cBot–HS试剂盒。
2.根据权利要求1所述的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒,还包含使用说明书。
3.应用权利要求1所述的用于预测肿瘤患者顺铂敏感性的试剂盒预测肿瘤患者顺铂敏感性的方法,包含如下步骤:
(1)使用miRcute miRNA提取分离试剂盒提取肿瘤组织样本中的miRNA;
(2)miRNA文库构建:采用TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2试剂盒完成;
(3)簇生成:采用TruSeq SR Cluster Kitv3-cBot–HS试剂盒完成;
(4)Illumina Hiseq2000测序:Hiseq2000上机,测序结果将原始数据转换成Fastq格式;
(5)数据分析:
①对原始Fastq文件数据筛选质量可靠的测序片段;
②将测序结果与miRbase数据库比对过滤,鉴定出结果中的已知人的miRNA数据;
③根据鉴定的miRNA进行表达量统计,miRNA表达量计算采用TPM计算度量指标,TPM公式=(每条miRNA比对到的read数目)/(样本总比对read数目)×106;
④将目的miRNA的表达量进行相关计算,预测评分值=-0.0061*miR-215+(-0.0011*miR-129-1-3p)+0.0120*miR-1283+(-0.0007*miR-126-3p)+(-0.0088*miR-199b-5p)。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于:当预测评分值10,可认定该患者肿瘤组织对顺铂高度敏感;当预测评分值≥10并且≤27时,可认定该患者肿瘤组织对顺铂中度敏感;当预测评分值27,可认定该患者肿瘤组织对顺铂不敏感。
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