[发明专利]黄瓜雌性系性状相关SCAR标记及其应用

说明书

本发明公开了黄瓜雌性系性状相关SCAR标记及其应用，该标记位于6号染色体上编码黄瓜乙烯合成酶基因CsACS1G启动子区，利用该SCAR标记可以进行雌性系选育，可以有效缩短选育时间，减少材料种植面积，大大加速雌性系的选育进程。该方法替代传统田间表型观察鉴定方法，可以在苗期和室内进行鉴定，比花期在田间通过表型观察鉴更加快捷高效，适用于大规模筛选育种材料，能够节约土地和劳动力成本。

技术领域

本发明涉及黄瓜雌性系性状相关SCAR标记及其应用，属于分子生物学领域。

背景技术

黄瓜是世界上主要的蔬菜作物之一，根据世界粮农组织公共数据库(FAOSTAT)的统计，2019年中国黄瓜栽培面积和产量达到125.8万公顷和7033.9万吨，分别占世界总量的56.4％和80％，这凸显出了黄瓜在我国国民生产中的重要地位。我国当前生产上的主栽品种是华北密刺型黄瓜，其产量和质量受到雌花数量制约。雌性系品种由于雌花多、结瓜多可以有效提高产量，同时由于无需去雄，能够在保证杂交种纯度的情况下大大简化制种程序，可以有效提高良种繁育的效率和产量。但当前生产中选育的雌性系品种多通过多代回交转育而来，育种周期漫长，费时费力，而且部分雌性系材料还受环境影响，田间选择准确性受限。这些问题的存在，大大制约了黄瓜雌性系材料的筛选和雌性系品种的选育。

序列特异性扩增区标记(sequence characterized amplified region，SCAR)是指在序列测序的基础上通过设计引物特异扩增某一特定片段的技术，由于其PCR反应条件严谨、结果稳定、重复性强，在应用上具有快速、简便、低成本的特点，已成为多种分子标记中的首选标记。目前在生产上广泛使用的雌性系材料主要是存在F基因位点的材料，决定雌性系性状的F基因保守，雌性系是由于6号染色体一段30.2kb的片段重复导致多出1-3个CsACS1G基因拷贝引起，而CsACS1G区CNV的不等交换影响雌性系的稳定性。因此，在CsACS1G基因发生重组的启动子区可以开发高效稳定的SCAR标记，用于雌性系材料的筛选和回交转育的辅助选择，可以有效缩短选育时间，减少材料种植面积，大大加速雌性系的选育进程，极具生产价值。

发明内容

本发明克服了上述现有技术的不足，提供黄瓜雌性系性状相关SCAR标记及其应用，该标记位于6号染色体上编码黄瓜乙烯合成酶基因CsACS1G启动子区，利用该SCAR标记可以进行雌性系选育，可以有效缩短选育时间，减少材料种植面积，大大加速雌性系的选育进程。

一种与黄瓜雌性系性状相关SCAR标记，该SCRA标记的序列如SEQ ID NO.3所示。

上述黄瓜雌性系性状相关SCAR标记筛选黄瓜雌性系材料的方法，包括如下步骤：

1)提取待测黄瓜的基因组DNA；

2)以待测黄瓜的基因组DNA为模板，利用标记引物进行PCR扩增反应；

3)检测扩增产物，标记扩增结果判断待鉴定品种，具有356bp条带的材料为雌性系材料，标记扩增无条带的材料为非雌性系材料。

进一步的，上述步骤2)中所述的标记引物包括上游引物和下游引物，上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

进一步的，上述步骤2)中所述的PCR扩增反应的反应体系为20lμl，具体如下：

10ng/μl模板DNA 2μl，10pmol/μl上游引物1μl，10pmol/μl下游引物1μl，2XM5HiPer plus taq HiFi PCR mix 10μl，超纯水6μl。

进一步的，上述步骤2)中所述的PCR扩增反应的扩增程序为：

95℃预变性1min；然后95℃变性15s，55℃退火15s，45s，72℃延伸30s，共计30个循环；最后72℃延伸10min。