[发明专利]一种与食管鳞癌发病相关的真菌菌群及其筛选方法和应用

说明书

本发明提供了一种与食管鳞癌发病相关的真菌菌群及其筛选方法和应用，属于疾病治疗技术领域。从食管鳞癌癌组织与癌旁组织中筛选到10种丰度差异菌群，包括Preussiapersica、Fusariumsolani、Nigrosporaoryzae、Acremoniumfurcatum和Tausoniapullulans、Hanseniasporalachancei、Spegazziniatessarthra、Rhodotorulatoruloides、Golovinomycesartemisiae和Malasseziadermatis，可以用于全面诊断或辅助诊断食管鳞癌发病情况。

技术领域

本发明属于疾病治疗技术领域，具体涉及一种与食管鳞癌发病相关的真菌菌群及其筛选方法和应用。

背景技术

口腔到胃部的连接器官为食管，食管原发的肿瘤叫食管癌。食管鳞癌是食管癌的一种，是来源于食管鳞状上皮黏膜细胞的恶性肿瘤。食管癌在中国属于高发病种，食管腺癌发病率非常低，其它食管癌包括食管黑色素瘤、小细胞癌、未分化癌，但是鳞癌发病较高，占90％～95％以上。

目前，食管鳞癌采取以手术为主的综合治疗，早期食管癌或者中期食管癌要给予手术治疗，中晚期食管癌讲究综合治疗，术前给化疗或者放疗，或者现在最新的免疫治疗缩小肿瘤，以便手术能完整切除，提高治愈率。晚期食管癌以放化疗为主，不采取手术干预，应尽量做到早期诊断、早期治疗。

现有技术中，对食管鳞癌的诊断包括组织病理学诊断、循环DNA分子检测、和血清蛋白标志物检测等。目前食管癌与真菌菌群的研究仍处于起步阶段。丁政云等利用体外分离培养法首次初步测定了食管癌和胃癌高发地区人群的口腔与食管的真菌分布情况，发现食管真菌带菌率明显低于口腔，且食管内与口腔内的优势真菌基本相似，如曲霉菌和青霉素。此研究为分离培养已知真菌，仅探讨特定几种真菌，特异性差，代表性不足。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与食管鳞癌发病相关的真菌菌群及其筛选方法和应用，从筛选的食管鳞癌癌组织与癌旁组织中的差异菌群中获得，能够全面探讨与食管鳞癌发病相关的真菌组成，可以作为生物标志物用于全面诊断或辅助诊断食管鳞癌发病情况。

本发明提供了一种与食管鳞癌发病相关的真菌菌群，包括Preussia persica、腐皮镰刀菌(Fusarium solani)、稻黑孢菌(Nigrospora oryzae)、分枝枝顶孢菌(Acremoniumfurcatum)和Tausonia pullulans、Hanseniaspora lachancei、十字斯氏格孢(Spegazzinia tessarthra)、Rhodotorula toruloides、Golovinomyces artemisiae和Malassezia dermatis菌。

本发明提供了所述与食管鳞癌发病相关的真菌菌群的筛选方法，包括以下步骤：

1)分别从食管鳞状细胞癌组织和癌旁组织中提取样本总DNA；

2)用ITS1通用引物对步骤1)中提取的样本总DNA进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

3)将步骤2)中PCR扩增产物进行文库构建和高通量测序，得到测序数据；

4)从步骤3)中所述测序数据中提取ITS1特异区段经降噪、比对和物种注释，得到注释后的数据；

5)采用微生物群落组成分析法分析步骤4)中所述注释后的数据，筛选得到食管鳞状细胞癌组织和癌旁组织中差异菌种。

优选的，步骤4)中所述降噪采用DADA2算法进行。

优选的，步骤5)中在进行所述筛选前，包括对所述注释后的数据进行菌群多样性分析和菌群的相对丰度计算。

优选的，所述菌群多样性分析包括Alpha和/或Beta多样性分析。