[发明专利]一种与食管鳞癌发病相关的真菌菌群及其筛选方法和应用

权利要求书

1.一种与食管鳞癌发病相关的真菌菌群，其特征在于，包括Preussia persica、腐皮镰刀菌(Fusarium solani)、稻黑孢菌(Nigrospora oryzae)、分枝枝顶孢菌(Acremoniumfurcatum)和Tausoniapullulans、Hanseniaspora lachancei、十字斯氏格孢(Spegazzinia tessarthra)、Rhodotorula toruloides、Golovinomyces artemisiae和Malassezia dermatis菌。

2.权利要求1所述与食管鳞癌发病相关的真菌菌群的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)分别从食管鳞状细胞癌组织和癌旁组织中提取样本总DNA；

2)用ITS1通用引物对步骤1)中提取的样本总DNA进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

3)将步骤2)中PCR扩增产物进行文库构建和高通量测序，得到测序数据；

4)从步骤3)中所述测序数据中提取ITS1特异区段经降噪、比对和物种注释，得到注释后的数据；

5)采用微生物群落组成分析法分析步骤4)中所述注释后的数据，筛选得到食管鳞状细胞癌组织和癌旁组织中差异菌种。

3.根据权利要求2所述筛选方法，其特征在于，步骤4)中所述降噪采用DADA2算法进行。

4.根据权利要求2所述筛选方法，其特征在于，步骤5)中在进行所述筛选前，包括对所述注释后的数据进行菌群多样性分析和菌群的相对丰度计算。

5.根据权利要求4所述筛选方法，其特征在于，所述菌群多样性分析包括Alpha和/或Beta多样性分析。

6.根据权利要求2～5任意一项所述筛选方法，其特征在于，步骤2)中ITS1通用引物包括ITS1-1F-F和ITS1-1F-R；

所述ITS1-1F-F的核苷酸序列如SEQ ID NO：1；

所述ITS1-1F-R的核苷酸序列如SEQ ID NO：2。

7.权利要求1所述与食管鳞癌发病相关的真菌菌群作为生物标志物在制备诊断食管鳞癌的试剂盒中的应用。

8.根据权利要求7所述应用，其特征在于，所述真菌菌群作为生物标记物时，判断方法为与癌旁组织相比，食管鳞状细胞癌组织中Preussiapersica、腐皮镰刀菌、稻黑孢菌、分枝枝顶孢菌和Tausoniapullulans菌丰度显著降低，Hanseniaspora lachancei、十字斯氏格孢、Rhodotorula toruloides、Golovinomyces artemisiae和Malassezia dermatis菌的丰度显著升高。