[发明专利]一种筛查胃癌相关基因突变的方法和试剂盒

说明书

本发明公开了一种筛查胃癌相关基因突变的方法和试剂盒，属于基因突变检测技术领域，本发明的方法和试剂盒使用了两套PCR引物，第一套PCR引物包括61对PCR引物，共一组，包括引物61对(SEQ I D NO.1‑SEQ I D NO.61)，覆盖胃癌相关基因突变的63个位点；第二套引物为通用引物I GT‑I5I ndex(SEQI D NO.17)和I GT‑I 7I ndex(SEQ I D NO.18)，该试剂盒包括PCR引物组合、I ndex接头序列、I GT‑EM808聚合酶混合物、扩增缓冲增强剂NB、YF磁珠漂洗缓冲液B和试剂M等，本发明的检测方法检测胃癌相关基因突变和现有技术相比，对待检测样品要求量低，可对血浆和血清中的极低DNA样品进行分析；地毯式引物设计，可实现全编码区突变检测，不但能对已知突变进行分析，还能发现新的突变；成本低廉；灵敏度高；检测时间短。

技术领域

本发明属于基因突变检测技术领域，具体涉及一种筛查胃癌相关基因突变的方法和试剂盒。

背景技术

胃癌(gastric cancer)是世界上常见的恶性肿瘤之一，全世界胃癌的年发病率为17.6/10万，居恶性肿瘤死亡率第二位。研究表明，胃癌其发病率在高发区和低发区之间可相差7～10倍，地区之间具有显著差异性。日本的胃癌死亡率居世界首位，其次为智利和哥斯达黎加，男女性均呈此趋势。新西兰、丹麦、澳大利亚的胃癌死亡率较低，美国最低，日本则约为美国的7倍。近些年来日本的胃癌发病率已有所降低，但仍是死亡率最高的恶性肿瘤。

国内外的调查资料表明，胃癌的发病与遗传因素有密切的关系，其方式为多基因遗传，但发生胃癌的遗传因素的功能机制目前尚不清楚。一般认为胃癌是一种有一定的遗传倾向和家庭聚集性、家族肿瘤史的遗传疾病，尤其是直系亲属胃癌史，是胃癌的显著危险因素，胃癌患者家庭成员比非胃癌患者家庭成员患胃癌的危险要高2～3倍，国内外的大量资料表明，胃癌患者中有明显家族倾向者占10％。这种家族性倾向可能是因为胃癌患者所处的生活环境及生活习惯相似，但该研究还同时发现，当患者处于相似的生活环境中，无血缘关系者的胃癌发病人数要明显低于有血缘关系的直系亲属，因此推测为遗传因素所起的作用。近些年来，越来越多的研究报道证实癌症发生的个体差异可以用遗传多态性来解释。随着全基因组关联研究及外显子测序等方法的出现，胃癌所表现出的家族聚集性及遗传易感性也被人们广泛关注。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指存在于某一(些)群体、正常个体的基因组DNA中单碱基的序列差异，在人类基因组中广泛存在。目前认为人类遗传基因的多态性90％以上是由SNP所引起的。随着人类基因组计划以及千人基因组计划的完成，已得出了迄今最详尽的基因多态性图谱。数据库公布人类基因组中大约存在1500万个常见的SNP，其中还有很多频率为1％～5％的罕见变异。在全基因组范围内，平均每100到1000个碱基会出现1个 SNP位点，因此多数基因都会存在大量的SNP位点。SNP的研究不仅为基因诊断，尤其是疾病的早期诊断提供了理论依据，而且在疾病治疗过程中对于药物敏感性和安全性的检测、疗效的预估及预后都具有重要意义。

SNP由于其分布广、密度高而被认为是第三代遗传标志，已有许多实验室将SNP应用于临床，在易感性及药物敏感性的判断等多个方面为临床提供理论依据。但是由于目前与胃癌风险相关的SNP较多，单个位点的检测对易患胃癌风险的评估显得十分有限。

基因PANEL是一个基因组合，在基因检测中使用基因PANEL所检测的基因比单一的位点要多，比PCR技术检测的序列要长，相对来说，在检测中不只是检测一个位点、一个基因，而是同时检测多个位点、多个基因。这些位点和基因需要按照一个标准进行选择和组合，从而构成一个检测PANEL，从而使获得的基因信息量相对要多一些。多基因的全面检测对于胃癌早期筛查及胃癌术后化疗耐药等的筛选是有临床意义的，如果早期了解到敏感性及肿瘤耐药情况，临床医生可根据检测的结果分析是机体自身原因还是肿瘤发生变异，在治疗方案上就会事先做出调整，避免医疗资源的浪费，同时可提高患者的治愈率。