[发明专利]一种绵羊PDGFD基因插入/缺失多态性的检测方法、试剂盒和应用

说明书

本发明公开了一种绵羊PDGFD基因插入/缺失多态性的检测方法，包括以下步骤：以待测绵羊基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含绵羊PDGFD基因内含子区插入/缺失多态性位点，将扩增产物进行电泳分型，根据电泳结果鉴定对应插入/缺失多态性位点的基因型；所述插入/缺失多态性位点选自绵羊PDGFD基因NC_040266.1:g.3876993‑3877010位18‑bp indel多态性位点。本发明方法能够简便、精确、低成本、精确地检测所述插入/缺失多态性位点的基因型，以快速建立优良性状的绵羊遗传资源群体。

技术领域

本发明属于生物技术与家畜育种技术领域，尤其是一种绵羊PDGFD基因插入/缺失(indel)多态性的检测方法、试剂盒和应用。

背景技术

绵羊是我国肉羊产业的重要组成部分，在畜牧业结构中具有重要地位。目前，我国绵羊存栏量和年出栏数均位居世界第一，是名副其实的羊肉生产大国，同时，我国也是羊肉的消费大国。繁殖性状作为绵羊重要的经济性状可影响绵羊的产羔率，从而直接影响绵羊产业的经济效益。现代绵羊育种旨在提高其生产和繁殖性能从而大大提高其经济价值。近年，我国肉羊生产并不能满足人们日益增长的消费需求。为此，企业积极开展品种选育、新品种(品系)培育、杂交改良和分子育种，以期提高绵羊的产羔率。其中，品种改良或新品种(或品系)培育最有效的策略就是分子标记辅助选择(MAS)，而在这一过程中寻找和确定性状关键基因是“卡脖子”的环节。分子标记辅助选择可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，进行分子育种。

目前，常见的基因组变异包括插入/缺失(indel)、单核苷酸多态性(SNPs)和结构变异(SVs)等。Indel突变是作为一种重要的分子遗传标记具有分布广、密度高、数量多、检测方便等优点。且与其他变异相比，indel更容易通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳技术直接被鉴定。随着比较基因组学的深入研究，indel为理论研究和遗传育种应用研究提供了大量的生物信息，其作为遗传学鉴定标记，多集中在人类基因组研究中，对反刍家畜的功能性基因，尤其是可应用于反刍动物性状的选育方面的indel标记的研究和应用甚少。最近的研究显示，Cui等发现PROP1基因上一个23bp的indel突变与鲁西黑头绵羊的产羔数显著相关(Mao Cui，2020)；Akhatayeva等利用indel分子标记在绵羊GHR和PRL基因上发现3个与产羔数有关的indel位点(Akhatayeva，2020)，从而加快绵羊分子选育。刘洪飞等在绵羊IGF2BP1基因上检测到一个5bp和9bp的indel与绵羊第二胎产羔数显著相关(Hongfei Liu，2021)。这些研究都表明indels对动物分子育种具有重要的意义和参考价值。

血小板源性生长因子D(Platelet-derived Growth Factor D,PDGFD)属于Platelet-derived Growth Factor(PDGF)家族，最早被鉴定为是成纤维细胞、平滑肌细胞和胶质细胞的生长因子。PDGF能够促进早期发育阶段未分化的间充质细胞和部分祖细胞的增殖、迁移和有丝分裂进程，进而调控组织的生长发育:发育成熟后，PDGF信号通路参与组织再生、细胞分化以及形态发生进程，尤其在血管形成过程中发挥重要的作用。所有的PDGFs以二硫键连接形成同二聚体，或PDGFA和PDGFB形成异二聚体，通过PDGF受体发挥功能(PDGFR—α、PDGFR—β)，而PDGFD仅可以与PDGFR—β受体结合。近年来，相关研究表明，PDGFD与绵羊尾部的脂肪沉积能力有关。据报道，当动物长期营养不良、过瘦或体脂不足时，动物的发情期就会推迟。脂肪沉积过低会损害动物生殖系统，导致雌性动物推迟发情时间，雄性动物睾酮分泌减少。然而，目前还没有相关研究证实PDGFD基因通过影响尾部脂肪沉积来调节生殖相关功能。因此，PDGFD基因多态性影响绵羊产羔数的机制有待进一步研究。基于此，PDGFD基因可以作为改善绵羊繁殖性能的候选基因，研究其关键变异位点与绵羊性状的关系，加速培育繁殖性能优良的绵羊品种。

通过检索，尚未发现与本发明专利申请相关的专利公开文献。

发明内容