[发明专利]籼粳杂交水稻的分子标记、引物组及应用

说明书

本发明涉及籼粳杂交水稻的分子标记、引物组及应用。该分子标记包括如SEQ ID NO.1‑4所示的DNA分子，对应分子标记的引物为如SEQID NO.5‑12所示的DNA分子。可以利用这些引物组对其对应的分子标记进行PCR扩增，根据扩增产物准确鉴定籼粳杂交水稻的种子纯度，与田间鉴定结果相符度接近100％，结果可靠；操作简单，成本低，相较于田间种植鉴定大大节约人力物力；还能在制种当年确定种子纯度，保障商业化制种的安全性。

技术领域

本发明涉及水稻育种技术领域，尤其涉及籼粳杂交水稻的分子标记、引物组及应用。

背景技术

杂交水稻种子纯度是指杂交种子在特征特性方面典型一致的程度。由于杂交水稻制种环节多、周期长，在种子生产过程中生物学混杂和机械混杂时有发生，容易导致杂交种不纯。种子纯度是水稻种子质量的核心指标，也是种子企业生存的根本，准确鉴定种纯度对种子质量标准化、品种审定、假种辨别起着重要作用。

常用的水稻种子纯度鉴定方法分为田间鉴定和室内检测。田间鉴定是传统的种纯度鉴定方法，即选取有代表性的样品播种到田间，一般在苗期、分蘖盛期、抽穗扬花期和成熟期分4次进行鉴定。随着分子生物学技术的发展，DNA分子标记技术已逐步运用到水稻育种的各个方面，常用的分子标记有RFLP、AFLP、SSR、SNP等类型，其中应用最普遍的是SSR，即简单重复序列标记。相较于其他类型的分子标记，SSR标记具有数量丰富、多态性高、共显性等优点，很适合杂交种的检测。

亚洲栽培水稻分为籼、粳两大亚种，是经过长期自然选择和人工选择形成分化的结果，适宜在不同的环境下生长。籼稻种植面积占据全国种植总面积的70％左右，形成了“南籼北粳”的种植格局。粳稻主要分布在东北三省、江苏等地，籼稻在华南、长江流域等南方稻区。籼、粳稻在产量、品质和抗性上各有特色，比如说粳稻食味好，适应冷凉气候，身材秀美，而籼稻消化功能强，肥料利用效率高，身材高大，耐热性强。在长期的隔离下籼粳杂交不亲和，导致籼粳杂交后子一代本身存在难孕性。但育种科学家提出籼粳亚种间杂种优势的设想，通过分析、试验开展育种研究，育成了亚种间的籼粳杂交水稻；而籼粳杂交水稻在制种过程中存在种纯降低的缺陷，通过现有的田间鉴定，周期长，不利于企业的种子销售。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在提供籼粳杂交水稻的种子纯度相关的分子标记及引物，以求将这些分子标记及其引物应用在鉴定籼粳杂交水稻的种子纯度及特异性的分子鉴定中。

第一方面，本发明要求保护一种籼粳杂交水稻的分子标记，所述分子标记包括如下(a1)至(a4)中至少一项：

(a1)分子标记SSR1，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的DNA分子；

(a2)分子标记SSR2，核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的DNA分子；

(a3)分子标记SSR3，核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的DNA分子；

(a4)分子标记SSR4，核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的DNA分子；

所述分子标记与籼粳杂交水稻的杂交种纯度及特异性相关。

第二方面，本发明要求保护用于鉴定第一方面中所述的分子标记的引物组，所述引物组包括如下(b1)至(b4)中至少一项：

(b1)用于鉴定所述分子标记SSR1的引物对A5，根据SEQ ID NO.1设计得到；

(b2)用于鉴定所述分子标记SSR2的引物对B47，根据SEQ ID NO.2设计得到；

(b3)用于鉴定所述分子标记SSR3的引物对D25，根据SEQ ID NO.3设计得到；

(b4)用于鉴定所述分子标记SSR4的引物对I21，根据SEQ ID NO.4设计得到。