[发明专利]基于单分子测序检测核苷酸变异方法与装置

说明书

本发明提出了一种确定核酸样本中单核苷酸变异的方法。该方法包括：对所述核酸样本进行双向低深度测序，以获取所述核酸样本的测序数据，所述测序数据包括所述核酸样本的正向测序读段和反向测序读段；基于所述测序数据，所述正向测序读段和所述反向测序读段进行比对处理，以便获得所述测序读段的重叠区域；基于所述重叠区域，获得所述单核苷酸变异。利用所述方法可以基于大样本数据对群体中单核苷酸变异进行检测和筛查，且具有低成本、高效率的优点。

技术领域

本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种基于单分子测序检测核苷酸变异方法与装置。

背景技术

SNP一般指单核苷酸多态性。单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每300个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万。这些SNP与人类生活息息相关，比如乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶某些位点的不同基因型决定这个人是否能饮酒，以及产生酒精肝；不同的基因型也会影响基本的发生概率，比如BRCA基因的某些基因型，会使女性患乳腺癌和卵巢癌的概率提高几倍甚至十几倍。基因型也可以用来做亲子鉴定。对于其他物质同样适用，比如宠物狗的血统溯源。SNV可在体细胞突变，是后天产生的(非遗传得来的)，很多疾病的发生发展都是由于一些SNV突变引起的。比如肺癌中的EGFR基因L858R的突变。目前，SNP/SNV的检测都是基于高深度测序平台和复杂的核酸测序数据算法突变检测，但普遍存在成本过高，不适于大样本筛查，不适于大样本筛查SNV/SNP与疾病关联性等问题。

由此，开发一种成本低，精准度高的确定核酸样本中单核苷酸变异的方法很有必要。

发明内容

本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。

本发明的发明人在研究中发现目前采用的确定核苷酸变异的方法成本较高，算法复杂，不适于在大样本中进行新的单核苷酸变异的筛查，更不适于在大样本中进行单核苷酸变异与各类型疾病的关联性分析，例如乳腺癌或卵巢癌的大样本人群中单核苷酸变异与上述疾病的关联性。

为此，发明人提供了一种确定核酸样本中单核苷酸变异的方法、确定核酸样本中单核苷酸变异的装置、计算机可读介质和电子设备。所提供的方法基于低深度测序技术获取核酸样本，并利用简单的算法对所获取的数据进行分析，最终获取精准度极大降低了检测成本，简化了算法的同时，保证了检测结果的精准度，利用该方法获取单核苷酸变异的精准度可达到百分之八十以上。

本发明的一个目的在于提供一种确定核酸样本中单核苷酸变异的方法及确定核酸样本中单核苷酸变异的装置。

具体而言，本发明提供了如下技术方案：

在本发明的第一方面，本发明提供了一种确定核酸样本中单核苷酸变异的方法。根据本发明的实施例，包括：对所述核酸样本进行双向低深度测序，以获取所述核酸样本的测序数据，所述测序数据包括所述核酸样本的正向测序读段和反向测序读段；基于所述测序数据，所述正向测序读段和所述反向测序读段各自独立地与参考序列进行第一比对处理，以便获得测序读段在所述参考序列的位置，和所述测序读段的重叠区域；基于所述重叠区域，获得所述单核苷酸变异。根据本发明的实施例，利用低深度测序获取双向测序数据，并对所获取的双向测序数据、参考序列进行比对分析，即可获得准确性高达80％以上的单核苷酸变异，同时极大地降低了测序成本和分析成本，利用简化的分析算法和低成本的低深度测序可以达到高精准度的单核苷酸变异的检测。

根据本发明的实施例，以上所述的方法可以进一步包括如下技术特征：