[发明专利]基于单分子测序检测核苷酸变异方法与装置

权利要求书

1.一种确定核酸样本中单核苷酸变异的方法，其特征在于，包括：

对所述核酸样本进行双向低深度测序，以获取所述核酸样本的测序数据，所述测序数据包括所述核酸样本的正向测序读段和反向测序读段；

基于所述测序数据，所述正向测序读段和所述反向测序读段各自独立地与参考序列进行第一比对处理，以便获得测序读段在所述参考序列的位置和所述测序读段的重叠区域；

基于所述重叠区域，获得所述单核苷酸变异。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述正向测序读段或所述反向测序读段的长度，所述重叠区域的核酸数目不小于10bp。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，基于所述重叠区域，所述正向测序读段和所述反向测序读段中的核苷酸各自独立地相同。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，进一步包括：

基于所述正向测序读段和所述反向测序读段，将所述重叠区域的至少部分与所述参考序列进行比对，以便获得所述单核苷酸变异。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述比对是通过如下方式进行的：

确定所述正向测序读段和所述反向测序读段重叠区域的至少部分上的待定单核苷酸变异，所述待定单核苷酸变异是所述重叠区域的至少部分上的核苷酸与所述参考序列上的核苷酸不同的核苷酸；

所述待定单核苷酸变异与预知单核苷酸变异不在同一位点，是所述待定单核苷酸变异为目标单核苷酸变异的指示。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述待定单核苷变异与所述正向测序读段和所述反向测序读段末端距离不小于9bp。

7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，进一步包括：

将所述待定核苷酸变异所在的所述正向测序读段和所述反向测序读段各自独立地与所述参考序列进行第二比对处理，以便获得第一测序读段和第二测序读段与所述参考序列的重叠区域，所述第二比对处理所使用的比对软件与所述第一比对处理所使用的比对软件不同，

所述第二比对处理的所述重叠区域与所述第一比对处理的所述重叠区域相同，是所述待定单核苷酸变异为目标单核苷酸变异的指示。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述重叠区域中，所述正向测序读段与所述反向测序读段在同一位点具有不同核苷酸类型，是所述测序数据不作后续处理的指示。

9.一种确定核酸样本中单核苷酸变异的装置，其特征在于，包括：

测序数据模块，所述测序数据获取模块被配置为对所述核酸样本进行双向低深度测序，以获取所述核酸样本的测序数据，所述测序数据包括所述核酸样本的正向测序读段和反向测序读段；

重叠区域获取模块，所述重叠区域获取模块被配置为基于所述测序数据，所述正向测序读段和所述反向测序读段各自独立地与参考序列进行第一比对处理，以便获得所述测序读段在所述参考序列上的位置和所述测序读段的重叠区域；

单核苷酸变异获取模块，所述单核苷酸变异获取模块被配置为基于所述重叠区域，获得所述单核苷酸变异。

10.根据权利要求9所述的装置，其特征在于，基于所述正向测序读段或所述反向测序读段的长度，所述重叠区域的核酸数目不小于10bp。

11.根据权利要求9所述的装置，其特征在于，基于所述重叠区域，所述正向测序读段和所述反向测序读段中的核苷酸各自独立地相同。

12.根据权利要求9所述的装置，其特征在于，进一步包括：

参考序列比对单元，所述参考序列比对单元被配置为基于所述正向测序读段和所述反向测序读段，将所述重叠区域的至少部分与所述参考序列进行比对，以便获得所述单核苷酸变异。