[发明专利]基于荧光定量PCR技术的新冠病毒新型核酸突变检测技术及其应用

说明书

本发明提供一种基于荧光定量PCR技术的新冠病毒新型核酸突变检测技术及其应用。本发明主要基于荧光定量PCR技术针对目前S基因新突变‑双重变异（E484Q和L452R突变）进行检测。本发明提供的试剂盒可以很好的鉴别E484Q和L452R突变，对新冠病毒的新突变快速监测具有十分积极的意义。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及基于荧光定量PCR技术的新冠病毒新型核酸突变检测技术及其应用。

背景技术

自2019年12月起爆发的新型呼吸系统疾病，截止2021年4月上旬已在全球确诊超过一亿三千万例，主要临床症状表现为发热、乏力、干咳。经分离鉴定，确认其病原为一种新型冠状病毒，国际病毒分类学委员会将其命名为“SARS-CoV-2”。这是目前在人体中发现的第七种冠状病毒，之前主要有6种，其中229E，OC43，NL63，HKU1四种致病性较轻，可引起轻微呼吸道疾病，其余两种SARS冠状病毒和MERS冠状病毒，可引起严重呼吸道疾病。

自新冠疫情爆发以来，新冠病毒突变位点不断出现，目前多个新冠病毒突变株：谱系B.1.1.7(首先在英格兰发现)、B.1.351(首先在南非发现)和P1(首先在巴西发现)等，受到全球广泛关注。

3月24日，印度卫生部发布声明称，在该国的马哈拉施特拉邦发现了一种新型变异新冠病毒，该毒株出现了双重变异，可能会弱化免疫效果且传染性更强。研究表明来自马哈拉施特拉邦的病毒样本上同时出现了E484Q和L452R突变，其特征不同于已经发现的毒株。印度病毒学家沙希德·贾米尔(Shahid Jameel)表示，这种“双重突变”病毒有可能在印度发展出一系列独立的病毒毒株。目前正在调查这种新型病毒变体的传染力及对疫苗效力的影响。当时该邦正经历着新一轮疫情暴发。而其中的L452R突变则是美国加州北部今年1月初发现的，在当地检出可能带有突变的病毒株，被认为与当地疫情有关，因此怀疑是是病毒变异造成的传播力增强。携带双重变异毒株还只存在少数国家少数病例中，为防止新型突变病毒扩散，针对新冠病毒最新突变-双重变异进行检测，确认是否属于双重变异类型，对于病毒监测防控具有重要意义。

荧光定量PCR检测技术融汇了PCR的灵敏性、DNA杂交的特异性、同一管多重快速检测的优点，是目前临床检验中认同程度很高的一种检测技术，已广泛应用于科学研究和临床检测。但目前已上市产品中绝大多数为普通新冠病毒检测产品，没有对新型双重变异病毒的突变类型进行检测的试剂盒方法。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种基于荧光定量PCR技术的新冠病毒新型核酸突变基因类型检测试剂盒及其应用。

本发明一方面提供了一种基于荧光定量PCR技术的新冠病毒新型核酸突变基因类型检测试剂盒，所述试剂盒包括以下两组引物和探针，每个所述探针的两端分别标记有荧光报告基团/荧光淬灭基团：

a.用于检测S基因突变类型：序列位置23012，序列变化GC的引物和探针；其中所述引物包括核苷酸序列分别如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2所示的多核苷酸，其中所述探针的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示；

b.用于检测S基因突变类型：序列位置22917，序列变化TG的引物和探针；其中所述引物包括核苷酸序列分别如SEQ ID No.6SEQ ID No.7所示的多核苷酸，其中所述探针的核苷酸序列如SEQ ID No.8所示。

新冠病毒的S基因序列参考GenBank:MW533315.1；“双重变异”基因变异基因序列参考hCoV-19/India/MH-NEERI-NGP-39017/2021。

S基因突变类型：序列位置23012，序列变化GC可以引起S蛋白中E484Q，序列位置22917，序列变化TG可以引起S蛋白L452R。

进一步地，所述试剂盒中还含有用于检测内参基因的引物和探针。