[发明专利]用于构建small RNA文库的接头、试剂盒及small RNA文库的构建方法有效
申请号: | 202110486484.5 | 申请日: | 2021-04-30 |
公开(公告)号: | CN113512767B | 公开(公告)日: | 2022-09-23 |
发明(设计)人: | 李新;马玉;李瑞强;赵桂仿 | 申请(专利权)人: | 天津诺禾致源生物信息科技有限公司 |
主分类号: | C40B80/00 | 分类号: | C40B80/00;C40B50/06;C12N15/10;C12Q1/6806 |
代理公司: | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人: | 梁文惠 |
地址: | 301700 天津*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 构建 small rna 文库 接头 试剂盒 方法 | ||
1.一种用于构建small RNA文库的接头,其特征在于,所述接头包括3’端接头,所述3’端接头为SEQ ID NO:1所示的随机末端接头,其中,N表示随机碱基;所述3’端接头的5’末端连接一个rApp,3’末端连接一个封闭基团,5’末端的第二位碱基修饰有MP;所述接头还包括5’端接头,所述5’端接头为SEQ ID NO:2所示的末端接头,所述5’端接头的3’末端具有2’OMe修饰。
2.一种用于构建small RNA文库的试剂盒,其特征在于,包括如权利要求1所述的接头。
3.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括3’端接头连接体系试剂和5’端接头连接体系试剂,所述3’端接头连接体系试剂包括RNAse抑制剂、截短型T4连接酶2、10%~30%PEG8000和10%~30%DMSO。
4.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,所述5’端接头连接体系试剂包括1×T4ligase1 buffer、RNAse抑制剂、T4连接酶1和ATP,其中,所述1×T4 ligase1 buffer包括50mM Tris-HCl、10mM MgCl2和1mM DTT,pH 7.5。
5.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括如SEQ ID NO:3所示的反转录引物。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括如SEQ ID NO:4和SEQID NO:5所示的PCR扩增引物。
7.一种small RNA文库的构建方法,其特征在于,包括:获取small RNA样本,采用如权利要求2至6中任一项所述的用于构建small RNA文库的试剂盒进行small RNA文库的构建。
8.根据权利要求7所述的构建方法,其特征在于,采用如权利要求2至6中任一项所述的用于构建small RNA文库的试剂盒进行small RNA文库的构建包括以下步骤:
3’端接头连接:采用3’端接头连接体系试剂配制3’端接头连接混合液进行small RNA和3’端接头连接,得到连接有3’端接头的small RNA,其中,所述3’端接头连接混合液包括10U~40U RNAse抑制剂、100U~300U截短型T4连接酶2或截短型T4连接酶2KQ、10%~30%PEG8000和10%~30%DMSO;
5’端接头连接:采用5’端接头连接体系试剂配制5’端接头连接混合液进行所述连接有3’端接头的small RNA和5’端接头连接,得到连接有3’端接头和5’端接头的small RNA,其中,所述5’端接头连接混合液包括1×T4 ligase1 buffer、10~40U RNAse抑制剂、10U~30U T4连接酶1和1mM~20mM ATP;
反转录反应:采用SEQ ID NO:3所示的反转录引物对所述连接有3’端接头和5’端接头的small RNA进行反转录,得到cDNA;
纯化cDNA产物:使用磁珠进行纯化cDNA,去除二聚体;
PCR扩增并纯化:使用Q5 Mix进行文库扩增,扩增引物如SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5所示的PCR扩增引物;使用磁珠进行纯化。
9.根据权利要求8所述的构建方法,其特征在于,所述3’端接头连接的条件为20-37℃孵育10分钟~2小时,65~85℃酶灭活。
10.根据权利要求8所述的构建方法,其特征在于,所述5’端接头连接的条件为25~28℃孵育10min~2小时,65~85℃酶灭活20min,4℃放置5min。
11.根据权利要求8所述的构建方法,其特征在于,所述PCR扩增的反应条件为:第一阶段:95℃,3min;第二阶段:98℃10s,65℃30s,72℃30s,共15个循环;第三阶段:72℃2min。
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