[发明专利]基于斑点杂交和染色质免疫共沉淀测序联合检测全基因组DNA加合物的方法有效
| 申请号: | 202110460942.8 | 申请日: | 2021-04-27 |
| 公开(公告)号: | CN113265454B | 公开(公告)日: | 2023-07-18 |
| 发明(设计)人: | 杨巧媛;李梦承;梁琳琳 | 申请(专利权)人: | 广州医科大学 |
| 主分类号: | C12Q1/6874 | 分类号: | C12Q1/6874 |
| 代理公司: | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人: | 赵崇杨 |
| 地址: | 510180 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 基于 斑点 杂交 染色质 免疫 共沉淀 联合 检测 基因组 dna 加合物 方法 | ||
1.一种非疾病诊断目的的基于斑点杂交和染色质免疫共沉淀测序联合检测全基因组DNA加合物的方法,其特征在于,包括如下步骤:
S1.对细胞进行BPDE急性染毒,构建急性染毒模型;通过不同浓度的染毒剂量及不同染毒时间,检测细胞活力及染毒细胞中所有DNA断裂情况,观察BPDE引起的DNA断裂损伤情况,确定初步染毒剂量和染毒时间;所述细胞为DNA亲核位点能够与BDPE共价结合形成加合物的细胞;
S2.采用斑点杂交技术检测染毒细胞中BPDE-DNA加合物含量,确定急性染毒模型最佳染毒剂量和染毒时间及超声波裂解染毒细胞获取DNA片段的最佳超声条件,以获得全基因组最大范围的DNA加合状态;
S3.采用BPDE-DNA adduct抗体,通过免疫共沉淀技术获得与BPDE发生共价结合的DNA片段,通过高通量测序技术得到BPDE与基因组DNA相互作用所形成的加合物图谱。
2.根据权利要求1所述方法,其特征在于,步骤S1所述细胞活力通过CCK-8检测。
3.根据权利要求1所述方法,其特征在于,步骤S1所述DNA断裂损伤情况采用单细胞凝胶电泳实验检测。
4.根据权利要求1所述方法,其特征在于,所述细胞为人正常肺上皮细胞BEAS-2B。
5. 根据权利要求4所述方法,其特征在于,所述染毒剂量和染毒时间为2 μM/12 h。
6. 根据权利要求4所述方法,其特征在于,所述超声条件为Peak Incident Power50watt,Duty Factor 20%,Cycles/Burst 200,Temperature Set Point 4℃-6℃,Duration 600s。
7.权利要求1-6任一所述方法在筛选苯并[a]芘致癌的关键通路和靶点中的应用。
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