[发明专利]基于体外转录和G4-ThT的荧光传感器及其制备与在HBV DNA检测上的应用有效
申请号: | 202110456847.0 | 申请日: | 2021-04-26 |
公开(公告)号: | CN113234798B | 公开(公告)日: | 2023-04-11 |
发明(设计)人: | 丁世家;康李娜;师炜程 | 申请(专利权)人: | 重庆医科大学 |
主分类号: | C12Q1/6825 | 分类号: | C12Q1/6825;C12Q1/70;C12N15/11 |
代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人: | 张博 |
地址: | 400016*** | 国省代码: | 重庆;50 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 体外 转录 g4 tht 荧光 传感器 及其 制备 hbv dna 检测 应用 | ||
1.一种基于体外转录和G4-ThT的荧光传感器,其特征在于,包括一对引物链、T7 RNA聚合酶、AMV反转录酶和硫黄素ThT,所述引物链包括DNA单链引物1和引物2,所述引物1包括T7序列部分和与靶链互补序列部分,所述引物2包括富C序列部分和与靶链相同序列部分;
所述引物1的核苷酸序列为:
所述引物2的核苷酸序列为:
所述靶链可与引物1的互补序列部分杂交,在AMV反转录酶作用下在引物1和靶链的两端延伸出第一种DNA双链中间体,所述第一种DNA双链中间体包含T7 RNA聚合酶识别位点,可在T7 RNA聚合酶催化作用下体外转录扩增产生大量短单链RNA;所述引物2与RNA单链杂交形成RNA-cDNA,RNA-cDNA在AMV反转录酶的作用下逆转录形成cDNA,得到带有富C链的DNA;之后引物1又能与带有富C链的DNA杂交两边同时延伸成第二种DNA双链中间体,然后在T7 RNA聚合酶作用下转录出带有RNAG4链的RNA产物,以此循环反应,产生大量的RNAG4;RNAG4可与硫黄素ThT结合,使本身荧光量子产率很低的ThT荧光量子产率急剧增高,通过收集荧光信号实现对HBV DNA的检测。
2.根据权利要求1所述的荧光传感器,其特征在于:所述靶链的核苷酸序列为:
3.一对引物链,用于构建HBV DNA的荧光检测体系,其特征在于:所述引物链包括DNA单链引物1和引物2,所述引物1包括T7序列部分和与靶链互补序列部分,所述引物2包括富C序列部分和与靶链相同序列部分;
所述引物1的核苷酸序列为:
所述引物2的核苷酸序列为:
4.根据权利要求1所述的荧光传感器的制备方法,其特征在于:包括如下步骤:
(1)将DNA单链引物1、引物2、靶链混合,进行预反应,使靶标和引物1预先结合;
(2)加入T7 RNA聚合酶、AMV反转录酶、硫黄素ThT,孵育,进行扩增反应,得荧光检测体系。
5.根据权利要求4所述的制备方法,其特征在于:所述步骤(1)中,所述引物1、引物2的摩尔浓度比为1:(0.25-4);
和/或,所述步骤(1)中,所述靶链的终浓度≥5aM;
和/或,所述步骤(1)中,预反应温度为40-43℃,预反应时间为5-10min。
6.根据权利要求4所述的制备方法,其特征在于:所述步骤(1)中,还需加入预反应缓冲液、dNTP、NTP,所述预反应缓冲液包括:80mM Tris缓冲液,12mM MgCl2,70mMKCl,10mM DTT,10%DMSO,pH为8.5。
7.根据权利要求4所述的制备方法,其特征在于:所述步骤(1)中,用缓冲液将引物1、引物2、靶链分别稀释后,经变性退火后,再混合反应。
8.根据权利要求6所述的制备方法,其特征在于:所述步骤(1)中,缓冲液选自TE缓冲液、TBS缓冲液中的至少一种。
9.根据权利要求7所述的制备方法,其特征在于:所述步骤(1)中,变性温度为90-100℃,变性时间为5-10min;
和/或,所述步骤(1)中,退火温度为0-5℃,退火时间为8-12min。
10.根据权利要求4所述的制备方法,其特征在于:所述步骤(2)中,ThT的终浓度为5-50μM;
和/或,所述步骤(2)中,T7 RNA聚合酶的终浓度为2-4U/μL;
和/或,所述步骤(2)中,AMV反转录酶的终浓度为0.20-0.40U/μL;
和/或,所述步骤(2)中,还需加入核糖核酸酶抑制剂、10×反转录酶缓冲液;
和/或,所述步骤(2)中,孵育温度为40-43℃,孵育时间为80-100min。
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