[发明专利]一种基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法

权利要求书

1.一种基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，由以下步骤组成：

1)将RNA病毒与交联剂混合，在紫外光下交联，回收RNA病毒，得到交联的RNA病毒；所述交联剂还包括洋地黄皂苷；所述洋地黄皂苷的质量浓度为0.01％～1％；

2)提取步骤1)中所述交联的RNA病毒的RNA；

3)将步骤2)中所述RNA用RNaseⅢ进行片段化处理，得到RNA片段；

4)将步骤3)中所述RNA片段连接后解交联，得到解交联的RNA片段；

5)将步骤4)中所述解交联的RNA片段建立测序文库；

6)将步骤5)中所述测序文库进行高通量测序，对测序结果进行RNA高级结构分析。

2.根据权利要求1所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，步骤1)中所述交联剂为含补骨脂素类交联剂的PBS溶液；

在所述交联剂中，补骨脂素类交联剂的终浓度为1～4μmol/L。

3.根据权利要求2所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，所述补骨脂素类交联剂包括AMT或EZ-Link TM Psoralen-PEG3-Biotin。

4.根据权利要求1～3任意一项所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，步骤1)中所述混合后，RNA病毒的终浓度为10⁷～10⁹拷贝数/mL。

5.根据权利要求1所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，步骤1)中紫外光的波长为360～370nm；

所述交联的时间包括15～25min。

6.根据权利要求1所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，步骤3)中用RNaseⅢ进行片段化处理的反应体系为10×RNaseⅢbuffer 1μl、200ng RNA、RNaseⅢ1μl，用无RNase的水补齐到20μl。

7.根据权利要求1或6所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，所述用RNaseⅢ进行片段化处理的时间为1～10min；所述用RNaseⅢ进行片段化处理的温度为36～38℃。

8.根据权利要求1所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，步骤4)中解交联的方法用紫外光照射所述RNA片段；

所述紫外光的波长为250～260nm；

紫外光照射的时间为1～10min。

9.根据权利要求1～3、5、6和8任意一项所述基于邻位连接的检测RNA病毒高级结构的方法，其特征在于，所述RNA病毒包括冠状病毒和柯萨奇病毒。