[发明专利]一种山羊PRNT基因单核苷酸多态性标记在性状早期选择中的应用

说明书

本发明公开了一种山羊PRNT基因单核苷酸多态性标记在性状早期选择中的应用。以山羊全基因组DNA为模板，通过PCR扩增山羊PRNT基因部分片段，通过测序鉴定该基因的g.149CT突变位点在山羊群体中的多态性。根据关联分析结果，PRNT基因的这一单核苷酸多态性位点的基因型与山羊的胸围、胸宽极显著相关，可用于快速建立遗传资源优良的山羊群体，从而可以通过山羊性状的早期标记辅助选择加快育种进程。

技术领域

本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及山羊PRNT基因单核苷酸多态性(SNP)的分型检测及在分子标记辅助选择育种中的应用。

背景技术

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是一类重要的遗传标记，具有数量大、二态性、稳定遗传和易于自动化检测等特点。伴随着人类基因组计划的开展和完成，世界各地的科研人员陆续开展了囊括大量物种的基因组测序工作，公布了大量的基因组DNA序列，同时构建了包含基因组序列、基因标签、突变位点等生物信息的数据库。基因组学的研究成果极大促进了SNP的发掘和检测技术的发展。SNP检测与分型技术已广泛应用于畜禽遗传学研究、品种选育、种质资源保护等领域，促进了畜禽产业的发展。

测序法是最便捷的SNP检测方法，其基本原理是通过对目的DNA序列进行测序，将结果与参考DNA序列进行对比，以判断目的DNA是否发生碱基突变。测序法具有检出率极高的特点，应用测序法可获知核苷酸突变的类型和突变位点，为后续的SNP分型提供重要基础。同时，随着测序技术自动化程度不断提高，相关测序的成本也不断降低，也为相关研究提供了便利。

PRNT基因作为朊病毒基因家族的成员之一，最初一直以睾丸特异性基因著名。尽管PRNT基因最初由于在成年反刍动物中表达较弱被认为是假基因，但随后PRNT蛋白就在公羊的睾丸和精子中被鉴定出。同时，还有研究发现PRNT基因参与了精子顶体反应并降低了受精率。有研究表明山羊PRNT基因不仅在睾丸中表达，在卵巢中也有表达，因此推测PRNT可以作为山羊的繁殖性能候选基因。

迄今为止，已在牛、绵羊及山羊中鉴定出PRNT内相对少数的多态性。在牛的PRNT基因中鉴定出2个SNP，但未进行多态性与繁殖性状之间的关联分析。同时，在葡萄牙绵羊中鉴定出4个具有3种单倍型的SNP(c.17CT，c.112GC，c.129TC和c.144AG)。前期研究已经在绵羊PRNT基因中鉴定出7个SNP，这些SNP对5个绵羊品种的生长特性产生了重大影响。此外，尽管最早可以追溯到2017年的韩国本土黑山羊中已经鉴定出4个SNP，但从未有报道它们与山羊生长性状存在关联性。

发明内容

本发明的目的在于提供一种山羊PRNT基因单核苷酸多态性标记在性状早期选择中的应用，以快速建立优良生长性状的山羊遗传资源群体。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种山羊PRNT基因单核苷酸多态性的检测方法，包括以下步骤：

以待测山羊(例如，陕北白绒山羊个体)全基因组DNA为模板，通过PCR扩增山羊PRNT基因的部分片段，然后对扩增产物进行直接测序，根据测序结果鉴定山羊个体PRNT基因单核苷酸多态性位点的基因型，所述单核苷酸多态性位点选自山羊PRNT基因核苷酸序列第149位突变位点g.149CT(登记号：AM412782.1)。

优选的，所述PCR的扩增引物对为：

上游引物：5’-GCCTTCTATATCTCTCTCCTCAC-3’(23nt)

下游引物：5’-ATACTGCACTTCCCTATCTTCTT-3’(23nt)。