[发明专利]一种选育带有野生稻遗传背景的水稻新品种的方法

权利要求书

1.一种选育带有野生稻遗传背景的水稻新品种的方法，其特征在于：

该方法包括以下依次进行的步骤：

步骤1)：以栽培稻品种为母本，AA型野生稻品种为父本，进行常规有性杂交获得杂交种F1代；

步骤2)：种植步骤1)获得的所述杂交种F1代；以所述杂交种F1代为母本，以所述栽培稻品种为父本，进行第一次回交，获得BC1F1代种子；

步骤3)：种植步骤2)获得的所述BC1F1代种子，获得BC1F1代植株群体，并于苗期取所述BC1F1代植株群体的叶片进行低覆盖率的全基因组测序，获得每一株BC1F1代植株的基因型图谱；

筛选合适的BC1F1代植株，筛选条件为：所筛选的若干个植株中，每个植株的基因组中都含有野生稻基因组片段，并且这些植株所含有的不同野生稻基因组片段的集合能够覆盖到野生稻基因组的12条染色体；以及，这些植株除含有的野生稻基因组片段以外，其他的遗传背景都来源于栽培稻基因组；

步骤4)：以所述步骤3)筛选出来的合适的BC1F1代植株为母本，以所述栽培稻品种为父本，进行第二次回交，获得BC2F1代种子；

或者，种植所述步骤3)筛选出来的BC1F1代植株，进行自交，获得BC1F2代种子；

步骤5)：种植步骤4)获得的所述BC2F1代种子或BC1F2代种子，获得各自的植株群体，并于苗期取植株群体的叶片进行低覆盖率的全基因组测序，获得每一株植株的基因型图谱；

筛选合适的BC2F1代或BC1F2代植株，筛选条件为：植株所含有的野生稻基因片段占基因组背景的5％～20％；以及，除所含有的野生稻基因以外，其他的遗传背景都来源于栽培稻基因组，且纯合度的筛选标准为60％以上；以及，其农艺性状更接近所述栽培稻品种；

种植筛选出来的合适的BC2F1代或BC1F2代植株，并进行自交，获得各自的下一代的种子；

步骤6)：按照步骤5)中的方式重复至少3代，直至获得稳定的、带有野生稻遗传背景的水稻新品种。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：

所述步骤4)中，获得BC2F1代种子；在后续的步骤5)中筛选获得合适的BC2F1代植株，并进行自交，获得BC2F2代的种子；在后续的步骤6)中，重复自交3代，获得稳定的、带有野生稻遗传背景的BC2F5代的种子。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：

所述AA型野生稻品种为“374”；所述栽培稻品种为“WYG”。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于：

所述步骤4)中，获得BC1F2代种子；在后续的步骤5)中筛选获得合适的BC1F2代植株，并进行自交，获得BC1F3代的种子；在后续的步骤6)中，重复自交2代，获得稳定的、带有野生稻遗传背景的BC1F5代的种子。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于：

所述AA型野生稻品种为W3105；所述栽培稻品种为五山丝苗。

6.如权利要求1至5中任意一项所述的方法，其特征在于：

在所述步骤5)和步骤6)的过程中，每自交一代后，所述筛选条件中的纯合度筛选标准的最低值提高10％。

7.如权利要求1至5中任意一项所述的方法，其特征在于：

所述步骤5)中的筛选条件中，所述农艺形状的选择标准包括：株高为50～140cm，分蘖数大于5，结实率大于60％。

8.如权利要求1至5中任意一项所述的方法，其特征在于：

所述低覆盖率的全基因组测序，利用Illumina Hiseq X10测序平台，用2×150bp双末端测序法进行全基因组重测序，亲本测序深度约50×，后代单株测序深度约0.1×。

9.如权利要求1至5中任意一项所述的方法，其特征在于：

所述步骤5)中，筛选合适的植株的过程还包括，对于符合所述筛选条件的植株进行配合力测定，选择配合力高的植株。