[发明专利]基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组及获取方法和应用

权利要求书

1.一种基于彩色组马蹄莲多个转录组序列所开发的SSR引物组，其特征在于，所述SSR引物组为：

Zh158引物对，其序列如SEQ ID NO:63和SEQ ID NO:64所示。

2.一种如权利要求1所述的SSR引物组的获取方法，其特征在于，所述获取方法包括如下步骤：

S1、获取至少两个品种的彩色组马蹄莲转录组测序的原始序列；

S2、将每个品种的所述原始序列分别进行组装拼接，取每条基因中最长的转录本作为Unigene序列；

S3、采用MISA软件对所述Unigene序列中SSR位点搜索，并用CandiSSR软件搜索候选多态性SSR标记位点；

S4、采用Primer Premier 3.0软件对所述多态性SSR标记位点进行引物设计，以获得多组引物；

S5、对所述多组引物进行验证，得到所述引物组。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述SSR位点的搜索标准为一核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸及以上的最小碱基重复次数分别为10、6、5、5、5和5。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其特征在于，在步骤S1中，所述至少两个品种为三个品种，所述三个品种分别为彩色组马蹄莲品种Rehmannii，Florex Gold和Black Magic。

5.权利要求1所述的引物组、或者权利要求2-4任一项所述的获取方法在构建彩色组马蹄莲核心种质、彩色组马蹄莲遗传多态性分析、或彩色组马蹄莲辅助育种方面的应用。