[发明专利]用于核酸扩增的样品制备

说明书

本发明涉及用于核酸扩增的样品制备。本发明涉及用于制备用于随后核酸(例如DNA)扩增的样品的方法，该方法比现有的方法更简单进行。

本申请是申请日为2015年06月09日，申请号为201580041770.3，发明名称为“用于核酸扩增的样品制备”的申请的分案申请。

发明的技术领域

本发明涉及用于制备用于随后核酸(例如DNA)扩增的样品的方法，该方法比现有的方法更容易进行。特别是，本发明涉及其中不需要在扩增之前从样品纯化核酸(例如DNA)的方法。

发明背景

常规的DNA扩增方法通常需要在扩增步骤之前获得纯化的DNA。纯化过程通常需要酶消化或裂解细胞样品中的细胞，随后是一个或更多个分离步骤从细胞碎片分离出DNA，这可包括一个或更多个洗涤步骤和将纯化的DNA最终洗脱进管中准备用于在扩增过程(诸如PCR)中使用。该过程通常花费30分钟以上，通常40分钟或更多。

最近，Sigma开发了所谓的‘Extract-N-Amp^TM血液PCR试剂盒’，其含有从全血提取宿主基因组DNA并通过PCR扩增感兴趣的靶必需的试剂。该提取系统降低了对于纯化、有机提取、离心、加热、过滤或乙醇沉淀的需要。试剂盒还包括PCR预混合物，尤其被配制用于直接从提取物扩增。该制品使用基于热启动(Hot Start)的抗体用于特异扩增。通过简单地添加提取溶液(其似乎是氢氧化钾)和在室温孵育持续5分钟，从10μl全血提取基因组DNA。在PCR之前，将中和溶液添加到提取物中抵消抑制物质。然后，将一部分的DNA提取物添加到专门配制的PCR混合物中。

本发明的目标是提供在扩增之前不需要纯化DNA的样品制备方法。优选地，那些方法仅需要简单的试剂，这降低了进行制备的人员的时间和成本负担。

发明概述

在本发明的一个实施方案中，提供了制备用于文库扩增和随后扩增的样品的方法，所述方法包括以下的步骤：

(a)提供含有核酸的细胞样品；

(b)裂解样品的细胞以从细胞样品的细胞内释放核酸，从而形成裂解物；和

(c)从裂解的样品扩增核酸；

其中在开始扩增步骤(c)之前，不从裂解的样品纯化核酸。

优选地，核酸是DNA。

优选地，样品是临床或非临床样品。

优选地，样品是血液样品。

优选地，血液样品是全血样品。

在一个实施方案中，样品取自培养物。在另一个实施方案中，样品取自微生物培养物(例如，血液培养物)。

优选地，样品是非血液样品，诸如组织样品(例如肿瘤、活体组织切片)、抽出物等等。

优选地，裂解试剂是水，优选地纯化水/蒸馏水。

优选地，裂解试剂不是水。实例可以包括去污剂、酸、碱、酶。

优选地，样品和裂解试剂被混合在一起以实现更均匀的分布。

任选地，还将酶添加到裂解物以便于破坏DNA结构。优选地，酶是蛋白酶K。

任选地，如果需要，在用裂解试剂裂解细胞之后存在中和步骤以使裂解试剂失活。优选地，该中和步骤在扩增步骤(c)之前。在一些方面，中和步骤可被看作孵育期的一部分。当标签化将作为扩增过程的一部分被进行时，还可以进行同一或另外的中和步骤，以便中和裂解物中可能干扰随后的扩增步骤的任何其他剂，诸如蛋白酶K。