[发明专利]一种基于转录组中相邻微卫星序列的植物鉴别方法

说明书

本发明公开了一种基于转录组中相邻微卫星序列的植物鉴别方法，包括以下步骤：提取待鉴定植物组织样本的RNA，使用高通量测序的方法对转录组进行测序，将测得的原始序列Raw data经过去掉接头序列，过滤掉不合格的序列后得到有效数据Clean data序列，由有效数据Clean data序列根据已知基因组进行拼接或根据重复序列拼接Unigene，使用MISA软件对拼接除重后得到的序列进行微卫星序列进行分析，得到微卫星序列统计数据，包括微卫星序列的类型和微卫星序列的具体序列；本方法可以灵敏地检测不同植物样本，该方法相较于基于形态的鉴别方法，具有准确可靠，分辨率高的特点，相较于传统基于DNA的分子鉴别方法，具有分辨率高的特点。

技术领域

本发明涉及生物技术领域中区分植物样本，更具体的说是涉及一种基于转录组中相邻微卫星序列的植物鉴别方法。

背景技术

植物样本的精细鉴别在生产实践中有着重要的意义，尤其在经济作物和中药材领域，许多优良的品系遗传差异很小，需要高分辨力的鉴别方法。目前植物的鉴别一般采用形态鉴别法和基于DNA序列的分子鉴别方法。但是这两种方法在进行遗传差异非常小的植物品系，或同种植物由于不同化学处理、环境因素、生长周期等因素的不同，表达不同特定基因的样本时，经常会遇到分辨力不足的情况。

形态学鉴别方法应用范围广，但有些遗传差异并不会表现为形态学上的差异，这就无法运用形态学方式进行鉴别。而基于DNA序列的鉴别方法，如基于线粒体或叶绿体基因保守序列的分析方法，一般可以对属以上的分类单元进行分类。在对于种以下的植物分类单元进行鉴别时，处于成本考虑，一般采用分子标记的方法，如RAPD、SSR、ISSR、RFLP和AFLP等。这样的分子标记方法对于亲缘关系相对较近的植物具有较好的分辨率。但对于亲缘关系非常接近的品系，也会遇到分辨力不足的情况，因为许多存在于调控序列中的基因并不一定与分子标记相关联，从而无法用分子标记的方法鉴别。

然而，在实际的生产实践中，需要对植物组织样本进行更为细致的区分，如亲缘关系十分相近的植物，或无明显性状差异的优良品系；但上述方式就显得无能为力了。

植物中RNA的表达具有多态性，可以提供相较于DNA更多的遗传差异信息。由于目前对于RNA测序的转录组测序服务成本快速下降，该技术也将有更广泛的应用前景。微卫星序列是存在于基因组中的短串重复序列，这些序列可以转录，从而存在于植物的转录组数据中，由于RNA的转录受内部调控序列影响和外部环境影响，所以具有较高的多态性，微卫星序列按照重复单元中碱基的数目和类型一般可以分为单碱基重复、二碱基重复、三碱基重复、四碱基重复、五碱基重复、六碱基重复和相邻微卫星序列。其中相邻微卫星序列是指在两个微卫星序列相邻，之间一般有一段短的碱基序列，将两个微卫星序列隔开，因为中间短的微卫星序列有种属特异性，所以相较于其它微卫星序列类型具有较高的区分度。针对植物转录组中相邻微卫星序列相似度分析，可以揭示植物的亲缘关系，从而作为辅助植物鉴别的一种方法。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于转录组中相邻微卫星序列的植物鉴别方法，该鉴别方法，相较于其它微卫星序列类型具有较高的区分度。针对植物转录组中相邻微卫星序列相似度分析，可以作为辅助植物鉴别的一种方法。

为解决上述技术问题，本发明通过一种基于转录组中相邻微卫星序列的植物鉴别方法进行实现，该方法包括以下步骤：

提取待鉴定植物组织样本的RNA，使用高通量测序的方法对转录组进行测序，将测得的原始序列Rawdata经过去掉接头序列，过滤掉不合格的序列后得到有效数据Cleandata序列，由有效数据Clean data序列根据已知基因组进行拼接或根据重复序列拼接Unigene，使用MISA软件对拼接除重后得到的序列进行微卫星序列进行分析，得到微卫星序列统计数据，包括微卫星序列的类型和微卫星序列的具体序列。在不同样本间进行相似度比对时，在微卫星序列的类型中选择有相邻的微卫星序列（c型），统计序列相同的微卫星序列，以相同微卫星序列个数除以除重后总的微卫星序列数得出相似度，利用相似度构建聚类图。从而实现不同植物样本的区分。