[发明专利]与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记及其开发方法和应用

权利要求书

1.一种与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记，其特征在于，包括第一KASP分子标记和第二KASP分子标记，所述第一KASP分子标记特异性检测豌豆的Chr1LG6染色体的第297000666位点，所述第二KASP分子标记特异性检测所述的豌豆的Chr1LG6染色体的第302006525位点，所述第一KASP分子标记如SEQ ID NO:82所示，其中第56位为A或G；所述第二KASP分子标记如SEQ ID NO:83所示，其中第56位为C或T。

2.如权利要求1所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的引物对，其特征在于，所述第一KASP分子标记的引物对如SEQ ID NO:28~ SEQ ID NO:30所示，所述第二KASP分子标记的引物对如SEQ ID NO:34~ SEQ ID NO:36所示。

3.一种如权利要求1所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的开发方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）将硬荚型豌豆品种和软荚型豌豆品种作为亲本材料配置杂交组合，构建F2群体，将所述F2群体进行种植，测量所述F2群体的嫩荚期豆荚厚度，并观测所述F2群体的成熟期荚壁为脆薄半透明型还是柔韧且坚硬型，获得所述F2群体的表型数据；

（2）从所述F2群体中选取多个嫩荚期豆荚薄且成熟期荚壁脆薄半透明型的极端个体组成第一基因池，选取多个嫩荚期豆荚厚且成熟期荚壁柔韧且坚硬型的极端个体组成第二基因池，并连同所述亲本材料展开基因组重测序，分析得到所述第一基因池的SNPs位点和所述第二基因池的SNPs位点，分别计算所述SNPs位点的频率及所述SNPs位点中相对应的SNPs位点的频率差值即delta值，并进行统计分析，以SNPs-index为纵坐标、染色体位置为横坐标作图，发现与豌豆的荚壁嫩度相关的主效基因的位置区域；

（3）基于所述位置区域，参考所述基因组重测序所得的全基因组SNP、InDel及其双侧翼序列信息，设计KASP引物，从中挑选出在所述位置区域的染色体上分布均匀，且在所述亲本材料中扩增性强、稳定性好的多对KASP引物，对所述F2群体进行高通量基因分型获得所述F2群体的分型数据，联合所述的F2群体的表型数据及所述的F2群体的分型数据进行连锁分析，获得所述的与豌豆的荚壁嫩度相关的主效基因的目标区间；

（4）根据所述目标区间，获得距离所述目标区间最近的KASP引物作为所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记。

4.根据权利要求3所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的开发方法，其特征在于，在所述步骤（1）中，所述硬荚型豌豆品种为PS71，所述软荚型豌豆品种为PS35。

5.根据权利要求3所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的开发方法，其特征在于，在所述步骤（1）中，所述F2群体包含230个株系。

6.根据权利要求3所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的开发方法，其特征在于，在所述步骤（2）中，所述的嫩荚期豆荚厚且成熟期荚壁柔韧且坚硬型的极端个体和所述的嫩荚期豆荚薄且成熟期荚壁脆薄半透明型的极端个体均为30个。

7.根据权利要求3所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的开发方法，其特征在于，在所述步骤（2）中，所述统计分析分别在100MB，10KB、100KB，1KB、10KB，1KB3种不同窗口和步长下进行。

8.根据权利要求1所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记或者权利要求3-7中任一项所述的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的开发方法获得的与豌豆荚壁嫩度主效QTL紧密连锁的KASP分子标记在早期检测豌豆荚壁嫩度中的应用。

9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述应用包括以下步骤：

1）以待测豌豆的基因组DNA为模板，采用所述KASP分子标记进行PCR扩增，将所得扩增产物进行荧光信号扫描；以及

2）根据所述荧光信号扫描的结果判断位于所述第297000666位点为G还是A，判断位于所述第302006525位点为T还是C，当所述第297000666位点为G和所述第302006525位点为T时，则所述待测豌豆为软荚类型，当所述第297000666位点为A和所述第302006525位点为C时，则所述待测豌豆为硬荚类型。