[发明专利]BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法及其用途在审

专利信息
申请号: 202110108370.7 申请日: 2021-01-27
公开(公告)号: CN113151459A 公开(公告)日: 2021-07-23
发明(设计)人: 周晓燕;刁玮;玄超;张昀源;郑红英;孙异凡 申请(专利权)人: 青岛大学附属医院
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886;C12Q1/6858
代理公司: 青岛鼎尖知识产权代理有限公司 37318 代理人: 宋涛
地址: 266003 山东*** 国省代码: 山东;37
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摘要:
搜索关键词: bcr abl1 突变 基因 t315i 荧光 检测 方法 及其 用途
【权利要求书】:

1.一种BCR-ABL1突变基因T315I在慢性粒细胞白血病检测中的用途。

2.一种BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法,其特征在于,所述BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法包括:

(1)在均相反应体系中,当T315I基因存在时,用连接DNAzyme的两个部分酶片段,在Mg2+存在的条件下,激活DNAzyme的剪切活性,将T315I基因剪切为两段裂解产物f1和f2,并在f1和f2的剪切位点分别产生3’端2’3’-环磷酸二酯末端和5’端羟基末端;

(2)利用T4 PNK酶进行修饰,切除f1的2’3’-环磷酸二酯末端并引入3’-OH末端,经T4PNK修饰过的f1命名为f1’;

(3)反应过后,f1’片段可以当作引物,引发滚环扩增反应;在phi29 DNA聚合酶的作用下,RCA反应产生大量含重复序列的单链DNA;

(4)RCA产生的单链DNA与体系中存在的拉链探针发生链置换反应,单链DNA与携带荧光基团的D-oligo完全互补,置换出游离C-oligo,导致荧光信号的产生,通过检测荧光信号强度即可获知T315I基因的量。

3.如权利要求2所述的BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法,其特征在于,所述BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法包括以下步骤:

步骤一,环状DNA模板的制备;

步骤二,DNAzyme特异性识别剪切反应;

步骤三,T4 PNK特异性修饰;

步骤四,滚环扩增反应介导信号放大。

4.如权利要求3所述的BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法,其特征在于,步骤一中,所述环状DNA模板的制备,包括:

(1)将浓度为2μM的5’端磷酸化后的线性DNA模板Cir-DNA和浓度为6μM的连接模板Ligation混合于1×T4 DNA连接缓冲液中,加热至90℃反应5min,随后缓慢冷却至室温,使Cir-DNA和Ligation之间进行杂交反应;

(2)向反应液中加入3.5U/μL的T4 DNA连接酶,充分混匀,于16℃孵育16h完成连接反应;反应后温度升至65℃保持10min,使连接酶失去活性;

(3)向反应产物中加入0.25U/μL的Exo I和5U/μL的Exo III,于37℃孵育5h以消化未成环的单链DNA或非特异性杂交的双链DNA,反应结束后温度升至80℃孵育20min使外切酶失去活性;

(4)反应结束后,环状DNA模板制备完成,4℃下可保存1月。

5.如权利要求4所述的BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法,其特征在于,所述1×T4 DNA连接缓冲液包括:100mM氯化镁,400mM Tris-盐酸,5mM ATP,100mM DTT,pH 7.8。

6.如权利要求1所述的BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法,其特征在于,步骤二中,所述DNAzyme识别剪切反应,包括:

(1)反应液配制:2μM DNAzyme探针,2U/μL的RNase抑制剂混合于1×缓冲液中;

(2)识别剪切反应:将不同浓度的T315I分子添加至上述反应液中,最终体积为10μL,充分混合后于37℃孵育30min;随后利用pH 8.0的乙二胺四乙酸盐调节浓度,使其终浓度为30mM,终止剪切反应。

7.如权利要求6所述的BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法,其特征在于,所述1×缓冲液包括:10mM Tris-盐酸,100mM氯化镁,100mM氯化钾,0.01mg/mL BSA。

8.如权利要求1所述的BCR-ABL1突变基因T315I的荧光检测方法,其特征在于,步骤三中,所述T4 PNK修饰,包括:

将0.5μL浓度为0.5U/μL的T4 PNK加入至催化剪切反应的产物中,此时反应液最终体积为10.5μL,充分混合后于37℃孵育30min。

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