[发明专利]制备双索引甲基化序列文库的方法在审
| 申请号： | 202080067258.7 | 申请日： | 2020-09-29 |
| 公开（公告）号： | CN114555831A | 公开（公告）日： | 2022-05-27 |
| 发明（设计）人： | 乌沙提·达斯查卡雷维尔提;黄晓芸;郑钰;凯文·莱 | 申请（专利权）人： | 合成DNA技术公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869;C40B40/06 |
| 代理公司： | 中原信达知识产权代理有限责任公司 11219 | 代理人： | 金海霞;刘慧 |
| 地址： | 美国爱*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 制备 索引 甲基化 序列 文库 方法 | ||
1.一种确定靶核酸的甲基化谱的方法，所述方法包括：
a)获得所述靶核酸；
b)用第一连接酶将第一接头连接到所述靶核酸的3'端；
c)用第二连接酶将第二接头连接到所述靶核酸的5'端以产生接头-靶-接头复合物；
d)将所述接头-靶-接头复合物中的未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶以产生转化的靶；
e)任选地PCR扩增所述转化的靶；
f)对所述转化的靶测序；
g)将所述转化的靶的序列与参考序列比较以确定所述靶核酸的甲基化谱。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸分子是DNA。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述DNA是全基因组DNA、cfDNA或FFPE DNA。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一连接酶是T4 DNA连接酶。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述T4 DNA连接酶是突变连接酶。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述突变连接酶在K159处含有氨基酸替换。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一接头或第二接头含有独特分子标识符序列。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一接头和第二接头含有独特分子标识符序列。
9.根据权利要求1所述的方法，其中未甲基化胞嘧啶向尿嘧啶的所述转化包括用亚硫酸氢盐处理。
10.根据权利要求1所述的方法，其中未甲基化胞嘧啶向尿嘧啶的所述转化包括用胞苷脱氨酶处理。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述接头包含通用引发位点。
12.根据权利要求1所述的方法，其中通过杂交捕获来富集接头-靶-接头复合物。
13.根据权利要求1所述的方法，其中步骤a)至g)依次进行。
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