[发明专利]用于DNA和RNA修饰和功能基序的富集和检测的方法和试剂盒

权利要求书

1.一种方法，包括：

a)将样品中靶核酸分子中非靶形式的胞嘧啶和/或经修饰的胞嘧啶化学转化或酶促转化为非胞嘧啶残基，以产生转化的核酸分子；

b)通过将一组引物与变性、转化的核酸分子杂交并延伸所述引物来对所述变性、转化的核酸分子进行第二链合成，以产生双链核酸分子；

其中所述引物包含核苷酸序列5’-XnG-3’和/或5’-X(n-1)CG-3’，其中X是任何碱基，且n＝2至25；和

c)分析所述双链核酸分子。

2.根据权利要求1所述的方法，其中n＝5至20，或4至9，或5。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述引物是六聚体。

4.根据权利要求1所述的方法，其中X可以是N、H、I、Q或J中的任何一个。

5.根据权利要求1所述的方法，其中XnG或X(n-1)CG选自NnG或N(n-1)CG、HnG或H(n-1)CG、InG或I(n-1)CG、QnG或Q(n-1)CG、JnG或J(n-1)CG或其组合。

6.根据权利要求1所述的方法，其中XnG为5’-NNNNNG-3’或5’-HHHHHG-3’，且X(n-1)CG为5’-NNNNCG-3’或5’-HHHHCG-3’。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述引物是六聚体。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中该组引物对于序列XnG或X(n-1)CG是完全简并的。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸分子包括人类DNA。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸来自病理性组织或细胞，例如癌细胞。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸分子包括纯化的DNA或RNA，或者染色质。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶核酸具有在约150个核苷酸和约700个核苷酸之间的长度。

13.根据权利要求1所述的方法，其中化学或酶促转化包括用亚硫酸氢盐、十-十一易位甲基胞嘧啶双加氧酶(“TET”)和AID/APOBEC类酶的酶(例如APOBEC3A(“A3A”))中的一种或更多种来处理。

14.根据权利要求1所述的方法，其中胞嘧啶的靶形式包括5-甲基胞嘧啶(“5mC”)、5-羟甲基胞嘧啶(“5hmC”)、5-甲酰基胞嘧啶(“5fC”)和5-羧基胞嘧啶(“5caC”)中的一种或更多种。

15.根据权利要求1所述的方法，其中化学转化或酶促转化包括将除5mC和5hmC以外的胞嘧啶形式转化为尿嘧啶。

16.根据权利要求1所述的方法，其中化学转化或酶促转化包括将除5hmC以外的胞嘧啶形式转化为尿嘧啶。

17.根据权利要求1所述的方法，其中化学转化或酶促转化包括将胞嘧啶转化为尿嘧啶，但不将5mC、5hmC、5fC或5caC转化为尿嘧啶。

18.根据权利要求1所述的方法，其中所述非胞嘧啶残基是尿嘧啶。

19.根据权利要求1所述的方法，其中所述引物包括DNA、RNA、LNA或PNA。

20.根据权利要求1所述的方法，其中所述引物包含经修饰的核糖或脱氧核糖。