[发明专利]用于治疗病况和疾病的反义寡聚体

说明书

SCN1A基因中的可变剪接事件可导致非生产性mRNA转录物，其进而可导致异常的蛋白质表达，并且可靶向SCN1A基因中的可变剪接事件的治疗剂可调节Dravet综合征患者中功能性蛋白质的表达水平，并且/或者抑制异常蛋白质表达。此类治疗剂可用来治疗由SCN1A、SCN8A或SCN5A蛋白缺乏引起的病况。

交叉引用

本申请要求2019年2月27日提交的第62/811,511号美国临时申请的权益，该美国临时申请通过引用整体并入本文。

背景技术

神经系统紊乱通常与离子通道病相关，其特征为介导神经元兴奋性、神经元相互作用和整个大脑功能的离子通道的功能受到干扰。SCN1A基因——其为编码神经元电压门控钠通道的α-孔形成亚单位的SCN1A-SCN2A-SCN3A基因簇的一部分——中的突变与诸如Dravet综合征(DS)等疾病和病况的疾病程度进展相关(Miller等人,1993-2015,GeneReviews，Pagon RA等人编著,Seattle(WA):University of Washington,Seattle,书架ID:NBK1318，和Mulley等人,2005,Hum.Mutat.25:535-542)。

发明内容

在某些实施方案中，本文公开了一种调节细胞中SCN1A蛋白的表达的方法，该细胞具有含有无义介导的RNA衰变诱导外显子(NMD外显子mRNA)并且编码SCN1A蛋白的mRNA，该方法包括使治疗剂与所述细胞接触，由此所述治疗剂调节从所述编码SCN1A蛋白的NMD外显子mRNA剪接所述NMD外显子，从而调节经加工的编码SCN1A蛋白的mRNA的水平，并调节所述细胞中SCN1A蛋白的表达，其中所述治疗剂与所述编码SCN1A的NMD外显子mRNA的靶向部分结合，并且其中所述靶向部分处于：NMD诱导外显子(NIE)的5’末端上游约1000个核苷酸至该NIE的5’末端上游约100个核苷酸；或者该NIE的3’末端下游约100个核苷酸至该NIE的3’末端下游约1000个核苷酸。在一些实施方案中，所述治疗剂干扰参与从所述靶向部分的区域剪接所述NMD外显子的因子的结合。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NIE的5’末端上游至多约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NIE的5’末端上游至少约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NIE的3’末端下游至多约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸。在一些实施方案中，所述靶向部分处于所述NIE的3’末端下游至少约800个核苷酸、约700个核苷酸、约600个核苷酸、约500个核苷酸、约400个核苷酸、约300个核苷酸、约200个核苷酸、约100个核苷酸、约80个核苷酸、约70个核苷酸、约60个核苷酸、约50个核苷酸、约40个核苷酸、约30个核苷酸、约20个核苷酸、约10个核苷酸、约5个核苷酸、约4个核苷酸、约2个核苷酸、约1个核苷酸。在一些实施方案中，所述治疗剂是反义寡聚体(ASO)。在一些实施方案中，所述ASO包含与SEQ ID NO:12-731中的任一个至少约80％、85％、90％、95％、97％或100％相同的序列。在一些实施方案中，所述治疗剂促进所述NMD外显子从所述经加工的编码SCN1A蛋白的mRNA中的排除。在一些实施方案中，与对照细胞中所述NMD外显子从所述经加工的编码SCN1A蛋白的mRNA中的排除相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述NMD外显子从所述经加工的编码SCN1A蛋白的mRNA中的排除增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中，所述治疗剂增加所述细胞中所述经加工的编码SCN1A蛋白的mRNA的水平。在一些实施方案中，与对照细胞中所述经加工的编码SCN1A蛋白的mRNA的总量相比，在与所述治疗剂接触的细胞中，所述经加工的编码SCN1A蛋白的mRNA的量增加约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。