[发明专利]用于富集条形码的方法和系统

说明书

本公开文本提供了核酸分析的方法和系统。一种富集包括条形码序列的核酸的方法可以包括将核酸分子置于足以纯化和/或扩增条形码化核酸的条件下。

交叉引用

本申请要求于2019年1月6日提交的第62/788,891号美国临时专利申请的权益，其全部内容通过援引加入本文。

背景技术

一份样品可能会出于各种目的被处理，例如为了鉴定所述样品中的部分的类型。样品可以是生物样品。可以处理生物样品，例如用于检测疾病(例如，癌症)或鉴定特定物质。有各种处理样品的方法，如聚合酶链式反应(PCR)和测序。

生物样品可以在各种反应环境中(例如在分区中)处理。分区可以是孔或微滴。可以采用微滴或孔来处理生物样品，使得生物样品能够被分区并分别处理。例如，这种微滴可以与其他微滴流体地隔离，从而能够精确控制微滴中的相应环境。

分区中的生物样品可能会经历各种过程，例如化学过程或物理过程。分区中的样品可以经受加热或冷却，或发生化学反应，例如产生可以定性或定量处理的物质。

发明概述

本公开文本提供了允许富集文库中的分析物的样品制备技术。本文讨论了对单细胞中的分析物进行条形码编码和分离的程序。然而，富集与感兴趣的分析物相对应的靶条形码使得文库中并非所有分析物都不经历下游过程是有益的。分析物的这种富集可以使下游过程(如测序)更有效，或提供所需分析物的更高质量数据。

在一个方面，本公开文本提供了一种核酸分析方法，包括：(a)提供多个条形码化核酸分子，所述多个条形码化核酸分子包括多个不同的条形码序列；(b)从所述多个不同的条形码序列中鉴定至少一个条形码序列；以及(c)富集包括所述至少一个条形码序列的核酸分子。

在一些实施方案中，所述方法在步骤(c)中包括：使用(i)包括所述至少一个条形码序列的核酸分子和(ii)包括对所述至少一个条形码序列特异的序列的引物进行核酸延伸反应，以产生富集的多个包括所述至少一个条形码序列的核酸分子。

在一些实施方案中，所述核酸延伸反应是聚合酶链式反应(PCR)。在一些实施方案中，所述方法进一步包括对所述富集的多个包括所述至少一个条形码序列的核酸分子进行另外的PCR。在一些实施方案中，所述另外的PCR包括使用另外的引物，所述另外的引物包括对所述富集的多个包括所述至少一个条形码序列的核酸分子特异的序列。在一些实施方案中，所述另外的引物包括一个或多个功能序列，所述一个或多个功能序列有助于对所述富集的多个核酸分子测序。在一些实施方案中，所述一个或多个功能序列包括测序引物序列。在一些实施方案中，所述一个或多个功能序列包括被配置为附接到测序仪的流动池的序列。

在一些实施方案中，所述引物包括亲和基团，并且其中所述富集的多个核酸分子包括所述亲和基团。在一些实施方案中，所述亲和基团包括生物素。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括，在所述核酸延伸反应之后，进行尺寸选择以除去未掺入的引物。

在一些实施方案中，所述方法在(c)中进一步包括：将所述富集的多个包括所述亲和基团的核酸分子偶联到对所述亲和基团特异的固体支持物上。在一些实施方案中，固体支持物是珠粒。

在一些实施方案中，所述亲和基团包括生物素，并且所述固体支持物包括抗生物素蛋白或链霉亲和素。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括对所述富集的多个核酸分子进行聚合酶链式反应(PCR)。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括在所述核酸延伸反应之前，(i)杂交(1)与所述至少一个条形码序列的第一部分互补的第一核酸分子和(2)与所述至少一个条形码序列的第二部分互补的第二核酸分子；以及(ii)将所述第一核酸分子连接到所述第二核酸分子，以产生包括对所述至少一个条形码序列特异的所述序列的所述引物。