[发明专利]用于富集条形码的方法和系统

权利要求书

1.一种核酸分析方法，其包括

(a)提供多个条形码化核酸分子，所述多个条形码化核酸分子包括多个不同的条形码序列；

(b)从所述多个不同的条形码序列中鉴定至少一个条形码序列；以及

(c)富集包括所述至少一个条形码序列的核酸分子。

2.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括使用(i)包括所述至少一个条形码序列的核酸分子和(ii)包括对所述至少一个条形码序列特异的序列的引物进行核酸延伸反应，以产生富集的多个包括所述至少一个条形码序列的核酸分子。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述核酸延伸反应是聚合酶链式反应(PCR)。

4.根据权利要求3所述的方法，其进一步包括对所述富集的多个包括所述至少一个条形码序列的核酸分子进行另外的PCR。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述另外的PCR包括使用另外的引物，所述另外的引物包括对所述富集的多个包括所述至少一个条形码序列的核酸分子特异的序列。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述另外的引物包括一个或多个功能序列，所述一个或多个功能序列有助于对所述富集的多个核酸分子测序。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述一个或多个功能序列包括测序引物序列。

8.根据权利要求6或7中任一项所述的方法，其中所述一个或多个功能序列包括被配置为附接到测序仪的流动池的序列。

9.根据权利要求2所述的方法，其中所述引物包括亲和基团，并且其中所述富集的多个核酸分子包括所述亲和基团。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述亲和基团包括生物素。

11.根据权利要求2-10中任一项所述的方法，其进一步包括，在所述核酸延伸反应之后，进行尺寸选择以除去未掺入的引物。

12.根据权利要求9-11中任一项所述的方法，其中(c)进一步包括将所述富集的多个包括所述亲和基团的核酸分子偶联到对所述亲和基团特异的固体支持物上。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述固体支持物是珠粒。

14.根据权利要求12-13中任一项所述的方法，其中所述亲和基团包括生物素，并且其中所述固体支持物包括抗生物素蛋白或链霉亲和素。

15.根据权利要求12-14中任一项所述的方法，其进一步包括对所述富集的多个核酸分子进行聚合酶链式反应(PCR)。

16.根据权利要求2-15中任一项所述的方法，其进一步包括，在所述核酸延伸反应之前，(i)杂交(1)与所述至少一个条形码序列的第一部分互补的第一核酸分子和(2)与所述至少一个条形码序列的第二部分互补的第二核酸分子；以及(ii)将所述第一核酸分子连接到所述第二核酸分子，以产生包括对所述至少一个条形码序列特异的所述序列的所述引物。

17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中(b)的所述鉴定包括对所述多个条形码化核酸分子进行测序以产生多个测序读段以及分析所述多个测序读段以鉴定所述至少一个条形码序列。

18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述多个条形码化核酸分子中的每一个还包括一个或多个功能序列，所述一个或多个功能序列选自测序引物序列和被配置为附接于测序仪的流动池的序列。