[发明专利]一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法

权利要求书

1.一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法，其特征在于，包括：

针对多个待检测位点或区域，分别设计一对正链探针和负链探针，每一对正链探针和负链探针中的正链探针位于基因组序列的正链上，每一对正链探针和负链探针中的负链探针位于基因组序列的负链上；

使用所述正链探针和所述负链探针进行组合得到组合探针，并基于组合探针对待测DNA通过低循环扩增技术进行第一轮PCR扩增；定义，低循环扩增技术的扩增次数介于12-18次；

对第一轮PCR扩增得到的产物，利用一对与二代测序平台测序引物相匹配的PCR引物对第一轮PCR扩增得到的产物进行第二轮PCR扩增；

对第二轮PCR扩增得到的产物进行高通量双端测序；

对高通量双端测序数据进行目标位点基因型判定及拷贝数分析；

其中，所述正链探针和负链探针的5’端部分序列具有与所述第二轮PCR扩增的PCR扩增引物相一致的通用序列；

所述正链探针和所述负链探针3’端部分为与待检测位点所在5’端上游区域特异性结合的序列。

2.根据权利要求1所述的一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法，其特征在于，所述正链探针或负链探针长度为18-36bp。

3.根据权利要求1所述的一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法，其特征在于，所述正链探针或负链探针长度为20-27bp。

4.根据权利要求1所述的一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法，其特征在于，对第二轮PCR扩增得到的产物进行高通量双端测序时测序读长为PE150-300bp。

5.根据权利要求1所述的一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法，其特征在于，对第二轮PCR扩增得到的产物进行高通量双端测序时平均测序深度大于5000X。

6.根据权利要求1所述的一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法，其特征在于，第二轮PCR扩增过程中，来自不同样本的扩增产物用带不同标签序列的PCR引物进行扩增。

7.根据权利要求1所述的一种同时检测基因突变与拷贝数变化的高通量方法，其特征在于，对高通量双端测序数据进行目标位点基因型判定及拷贝数分析，包括：首先根据数个至数十个碱基长度的标签序列将测序获得的序列归到相应的样本上；然后根据每个序列的碱基组成将其归到相应基因片段的扩增产物上；对于目标位点各碱基类型计数，进行目标位点基因型判定及拷贝数分析。