[发明专利]一种肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法及其在指示肝癌患者PD-1治疗预后疗效中的应用

说明书

本发明公开了一种肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法及其在指示肝癌患者PD‑1治疗预后疗效中的应用，包含以下步骤：（1）取肿瘤患者的肿瘤组织，进行肿瘤组织测序；（2）使用软件检测综合检测肿瘤患者的体细胞突变，得到VCF文件；（3）将VCF文件用pVACseq软件进行MHC‑I分子类型鉴定；（4）基于HLA等位基因，使用pVACtools软件，算出MHC‑I结合亲和力水平，将预测的亲和力水平IC50小于50nM的作为高亲和力新抗原；HAN‑high组病比low组病人的无进展生存期更长，更受益于PD‑1的治疗，高亲和力新抗原的数量可作为预测HCC患者生存和指导PD‑1用药的新指标。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，具体涉及一种肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法及其在指示肝癌患者PD-1治疗预后疗效中的应用。

背景技术

肿瘤新生抗原(neoantigen)是由肿瘤细胞发生体细胞突变(somatic mutation)或者框架移位突变(frameshift mutation)形成，这类新抗原只特异存在于肿瘤细胞中，能被抗原递呈细胞捕获进而被效应T细胞识别，激发机体的抗肿瘤免疫效应。然而实际上，在肿瘤产生的上千种新抗原中，真正能激活抗肿瘤免疫效应的新抗原的概率不到百分之二十，因此，需要对肿瘤新抗原进行更深入分类分析，在此基础上寻找新抗原与HCC患者预后之间的关系。

现有的指导临床上PD-1用药的依据主要根据肿瘤组织中PD-L1的表达水平来评估PD-1治疗的效果，PD-L1表达水平高的患者更受益于PD-1治疗。但近年来，研究者们发现对高肿瘤突变负荷（TMB）10 Mut/mB且PD-L1表达水平低（小于1％）的患者进行PD-1治疗，依然能引起强烈的抗肿瘤免疫反应，因此，TMB的检测也是指导PD-1用药的重要依据。但在目前在HCC的研究中，TMB并不是理想的预后指标。因为HCC患者的TMB值普遍偏高，无法准确提示患者肿瘤中免疫状态，并且临床研究发现TMB值与患者预后无显著相关性。而肿瘤新抗原能够被肿瘤反应性T细胞识别从而激活抗肿瘤免疫应答，因此针对其数值的预测更能反应肿瘤微环境中的免疫状态，成为评估免疫治疗效果的重要指标。

发明内容

本发明提供一种肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法及其在指示肝癌患者PD-1治疗预后疗效中的应用，本发明通过全外显子测序的结果，并采用pVAC工具和MHC-I算法计算出MHC-I高亲和力新抗原的数量，并用中位数值(16)将其分成HAN-high组和HAN-low组，其中HAN-high组病比low组病人的无进展生存期更长，更受益于PD-1的治疗，高亲和力新抗原的数量可作为预测HCC患者生存和指导PD-1用药的新指标。

本发明解决其技术问题采用以下技术方案：

一种肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，包含以下步骤：

（1）取肿瘤患者的肿瘤组织，进行肿瘤组织WES和RNA-seq测序；

（2）使用多种软件检测综合检测肿瘤患者的体细胞突变，保留等位基因突变频率≥5%的reads，得到VCF文件；

（3）将VCF文件用pVACseq软件进行MHC-I分子类型鉴定，肿瘤患者分型为：HLA-A等位基因、HLA-B等位基因、HLA-C等位基因；

（4）基于HLA等位基因，使用pVACtools软件，通过多种预测算法预测与等位基因结合的多肽，将不同算法得到的结果中值作为MHC-I结合亲和力水平，将MHC-I结合亲和力水平计为IC50，将预测的亲和力水平IC50小于50nM的作为高亲和力新抗原。

作为一种优选方案，所述步骤（2）采用Mutect、Varscan、CNVnator软件检测综合检测肿瘤患者的体细胞突变。

作为一种优选方案，所述Mutect软件用于检测体细胞单核苷酸变异，所述Varscan软件用于检测Indel变异，所述CNVnator软件用于检测拷贝数变异。

作为一种优选方案，所述基于HLA等位基因，使用的为pVACtools软件的pVACseq模块。