[发明专利]一种肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法及其在指示肝癌患者PD-1治疗预后疗效中的应用

权利要求书

1.一种肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，其特征在于，包含以下步骤：

（1）取肿瘤患者的肿瘤组织，进行肿瘤组织WES和RNA-seq测序；

（2）使用多种软件检测综合检测肿瘤患者的体细胞突变，保留等位基因突变频率≥5%的reads，得到VCF文件；

（3）将VCF文件用pVACseq软件进行MHC-I分子类型鉴定，肿瘤患者分型为：HLA-A等位基因、HLA-B等位基因、HLA-C等位基因；

（4）基于HLA等位基因，使用pVACtools软件，通过多种预测算法预测与等位基因结合的多肽，将不同算法得到的结果中值作为MHC-I结合亲和力水平，将MHC-I结合亲和力水平计为IC50，将预测的亲和力水平IC50小于50nM的作为高亲和力新抗原。

2.根据权利要求1所述的肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，其特征在于，所述步骤（2）采用Mutect、Varscan、CNVnator软件检测综合检测肿瘤患者的体细胞突变。

3.根据权利要求2所述的肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，其特征在于，所述Mutect软件用于检测体细胞单核苷酸变异，所述Varscan软件用于检测Indel变异，所述CNVnator软件用于检测拷贝数变异。

4.根据权利要求1所述的肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，其特征在于，所述基于HLA等位基因，使用的为pVACtools软件的pVACseq模块。

5.根据权利要求1所述的肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，其特征在于，所述预测算法分别为NetMHCpan、NetMHC、NetMHCcons、PickPocket、SMM、SMMPMBEC、MHCflurry和MHCnuggets。

6.根据权利要求1所述的肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，其特征在于，所述肿瘤组织WES和RNA-seq测序通过illumina高通量测序平台完成。

7.根据权利要求1所述的肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法，其特征在于，所述高亲和力新抗原数量与HCC患者五年生存期呈正相关。

8.根据权利要求1~7任一所述的肿瘤高亲和力新抗原的筛选方法在指示肝癌患者PD-1治疗预后疗效中的应用。

9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，总结肿瘤患者的高亲和力新抗原的数量，以16为临界值，将肿瘤患者分为HAN-high组、HAN-low组，所述HAN-high组高亲和力新抗原数量大于等于16，所述HAN-low组高亲和力新抗原数量小于16。

10.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述HAN-high组更受益于PD-1的治疗，所述高亲和力新抗原数量可作为预测HCC患者生存和指导PD-1用药的新指标。