[发明专利]一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用在审
| 申请号: | 202011179883.9 | 申请日: | 2020-10-29 |
| 公开(公告)号: | CN112359110A | 公开(公告)日: | 2021-02-12 |
| 发明(设计)人: | 王怡;陈钢;王明勋;邓礼明;吴莉军 | 申请(专利权)人: | 温州医科大学 |
| 主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;C12N15/11;G16H50/50;G16B20/00 |
| 代理公司: | 温州瓯越专利代理有限公司 33211 | 代理人: | 陈陈数 |
| 地址: | 325000 *** | 国省代码: | 浙江;33 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 胆管癌 预后 测定 标志 检测 引物 试剂盒 应用 | ||
1.一种胆管癌预后测定标志物,其特征在于:所述胆管癌预后测定标志物为5个lncRNA,5个lncRNA分别为HULC、AP000943.4、AC006504.8、AC090114.2、AL359715.5。
2.一种如权利要求1所述的胆管癌预后测定标志物的检测引物,其特征在于:所述检测引物的核苷酸序列为SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:5。
3.一种胆管癌预后测定试剂盒,其特征在于:所述胆管癌预后测定试剂盒包含权利要求2所述的检测引物。
4.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在胆管癌术后生存预测预后指标检测中的应用,其特征在于:包括:
(1)构建LncRNA和基因差异表达谱,从TCGA数据库下载多个胆管癌样本和正常样本的基因表达谱数据,采用R软件edgeR包进行差异表达显著性分析,通过R中的pheatmap软件包进行无监督的分层聚类并绘制其火山图;
(2)建立LncRNA相关预后预测模型,进行单变量Cox比例风险回归分析筛选与胆管癌总生存期之间相关的LncRNA;
(3)根据预测的LncRNA标志物模型,计算多个风险评分;以中位风险评分作为临界值将患者分为高风险组或低风险组;使用Kaplan-Meier方法生成总生存曲线,并使用双侧对数秩检验比较高风险患者组和低风险患者组之间总生存时间的差异;
(4)单因素Cox回归分析对预后LncRNA标志物以及临床病理特征与患者在整个数据集中的总体生存相关性进行分析;然后进行多因素Cox回归分析;
(5)共表达和功能富集分析,Spearman相关系数计算预测性LncRNAs中的每一种在差异表达显著性蛋白质编码基因之间的相关关系;Spearman相关系数0.50是与LncRNA相关的DPCG。
5.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在胆管癌发生和进展的分子机制中的应用。
6.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在肿瘤标志物中的应用。
7.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在药物靶标中的应用。
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