[发明专利]一种用于鉴定青花菜品种浙青80的SNP标记

说明书

本发明公开了一种用于鉴定青花菜品种‘浙青80’的SNP标记，所述SNP标记分别在青花菜HDEM参考基因组C8染色体第388951位置的碱基为G或A，在青花菜HDEM参考基因组C8染色体第32131581位置的碱基为G或C，在青花菜HDEM参考基因组8染色体第35830426位置的碱基为T或C。还提供了用于检测所述SNP标记的引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1～9所示。本发明SNP标记及其引物可基于KASP技术体系对‘浙青80’杂交种纯度进行鉴定，结果稳定、准确，可高通量鉴定‘浙青80’种子的纯度和真实性。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，设计一种用于鉴定青花菜品种‘浙青80’的SNP标记，具体为一种基于KASP技术开发的用于青花菜品种‘浙青80’纯度或真实性鉴定的SNP标记。

背景技术

青花菜(Brassica oleracea L.var.italica)，又名西兰花、绿菜花、绿色花椰菜，起源于欧洲地中海沿岸，于上世纪80年代引入我国。30多年来我国栽培的青花菜品种以国外引进为主且引进品种以细胞质雄性不育的杂交种为主(李占省，刘玉梅，方智远，杨丽梅，庄木，张扬勇，吕红豪，王勇等.我国青花菜产业发展现状、存在问题与应对策略.《中国蔬菜》，2019(4)：1-5.)。这增加了培育具有自主知识产权的青花菜新品种的难度。因而对于国内自主培育的青花菜品种需要加强保护力度。

青花菜品种‘浙青80’是由浙江省农业科学院蔬菜研究所自主选育的优质中熟青花菜杂交种。中熟，定植后约80天采收。生长势强，株型较直立，分枝少；花球紧实高圆，蕾粒中细均匀，蕾色蓝绿、低温不易发紫，商品性好。适宜长江流域和云南秋冬季种植。

KASP(竞争性等位基因特异性PCR，kompetitive allele specific PCR)标记技术是由英国LGC公司开发的新一代高通量自动化SNP检测技术，具有共显性，显示DNA序列差异，易实现数据整合共享、通量高、单位点检测成本低等优点，现已成为国际上SNP分型以及插入缺失变异(InDel,Insertion or Deletion)检测的主要方法之一，并在水稻、玉米、小麦等作物中已得到了大量应用(陆海燕,周玲,林峰,王蕊,王凤格,赵涵.基于高通量测序开发玉米高效KASP分子标记.作物学报,2019,45(6):872-878；王富强，樊秀彩，张颖，刘崇怀，姜建福.SNP分子标记在作物品种鉴定中的应用和展望.植物遗传资源学报,DOI：10.13430/j.cnki.jpgr.20200309002)。本申请通过开发KASP标记引物并建立其鉴别方法，为实现‘浙青80’品种的遗传纯度鉴定、真伪鉴别及保护提供技术支持。

发明内容

本发明目的在于提供一种基于KASP技术的SNP标记，用于鉴定‘浙青80’种子纯度和真实性，该方法结果稳定、准确，可高通量鉴定‘浙青80’种子的纯度和真实性。

为了达到上述技术目的，本发明具体通过以下技术方案实现：

本发明利用23份青花菜核心种质的重测序数据，获得了百万计的SNP位点，根据每个SNP位点的多态性指数(PIC)、最小等位基因频率(MAF)、在染色体上的分布等，筛选出100个SNP位点，利用KASP技术对392份青花菜材料基因分型，建立了青花菜指纹图谱库数据。

本发明基于青花菜杂交种‘浙青80’及其双亲的基因分型结果，确定了3对引物组合，可用于‘浙青80’杂交种的种子纯度和真实性鉴定。

本发明一方面，提供了一种用于鉴定青花菜品种‘浙青80’的SNP标记，所述的SNP标记包括：

编号KCM8001的标记，该标记在青花菜HDEM参考基因组C8染色体第388951位置的碱基为G或A；

编号KCM8002的标记，该标记在青花菜HDEM参考基因组C8染色体第32131581位置的碱基为G或C；