[发明专利]用于筛查鼻咽癌的方法及应用在审
申请号: | 202011048188.9 | 申请日: | 2020-09-29 |
公开(公告)号: | CN112111576A | 公开(公告)日: | 2020-12-22 |
发明(设计)人: | 杨帆;时伟丽 | 申请(专利权)人: | 杨帆;时伟丽 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;G16B40/10 |
代理公司: | 北京科石知识产权代理有限公司 11595 | 代理人: | 刘艳春 |
地址: | 450007 *** | 国省代码: | 河南;41 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 鼻咽癌 方法 应用 | ||
1.一种用于筛查鼻咽癌的方法,其特征在于,所述方法包括:
a.测量来源于EBV阳性受试者的样品中SYK基因两端或其内部的EBV相关超级增强子的信号强度得到测量值的步骤;
b.将所述测量值与对照值比较的步骤;和
c.当所述测量值高于所述对照值时,将所述受试者评估为患鼻咽癌的风险高,当所述测量值低于或等于所述对照值时,将所述受试者评估为患鼻咽癌的风险低。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述对照值为从与所述受试者的年龄相当的正常对象的样品获得的SYK基因两端或其内部的EBV相关超级增强子的信号强度值。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样品为鼻咽癌组织或血液。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述超级增强子为H3k27ac富集区;优选地,所述超级增强子包含至少2个能够与H3K27ac结合的区域,且各区域的片段间隔小于12.5kb。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述超级增强子通过以下步骤确定:采用H3K27ac抗体,特异性地富集结合的DNA片段,构建文库后进行高通量测序,得到测序数据后进行数据处理,所述数据处理包括找到H3k27ac富集区域。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述数据处理包括:采用macs2鉴定H3k27ac信号峰富集区域,合并12.5kb范围内的峰区域成为峰簇,计算峰簇上的信号强度;以峰簇信号强度的排序作为x轴,峰簇的信号强度作为y轴拟合曲线,以曲线斜率1为分界点,大于1的峰簇鉴定为超级增强子。
7.一种用于鉴定对EBV阳性鼻咽癌有用的化合物的方法,其特征在于,所述方法包括:
a.测量样品中的SYK基因两端或其内部的超级增强子的信号强度获得第一测量值的步骤;
b.测量从试验化合物给药后样品中的SYK基因两端或其内部的超级增强子的信号强度得到测量值的步骤获得第二测量值的步骤;
c.比较第一测量值第二测量值的步骤,和
d.(i)如果所述第二测量值低于所述第一测量值,即所述试验化合物降低SYK基因两端或其内部的超级增强子的信号强度,则将所述试验化合物鉴定为对EBV阳性鼻咽癌有用;(ii)如果所述第二测量值等于或高于所述第一测量值,即所述试验化合物对SYK基因两端或其内部的超级增强子的信号强度没有影响或具有升高作用,则将所述化合物鉴定为EBV阳性鼻咽癌不是有用的。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述样品为体外培养的鼻咽癌细胞株。
9.用于检测EBV相关超级增强子的试剂在制备筛查EBV阳性受试者是否患有鼻咽癌的试剂盒中的用途。
10.根据权利要求9所述的用途,其特征在于,所述试剂包括抗H3K27ac抗体。
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