[发明专利]一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型

说明书

本发明涉及生物医学技术领域，特别涉及一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型；包括以下步骤：S1：对待测的肿瘤组织和血液样品进行DNA提取；S2：针对肿瘤相关基因，构建目标区域靶向捕获测序文库；S3：利用高通量测序平台，获得原始下机数据；S4：通过检出流程得到样本的肿瘤突变负荷。本发明的目的在于提供一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型，通过该方法和预测模型对基因突变进行检测和计算，可以达到和全外显子测序的TMB检测相等同的结果，以提高肿瘤突变负荷评估的准确性。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，特别涉及一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型。

背景技术

近年来，免疫治疗受到医疗界的广泛关注，其已在多种肿瘤治疗中获得显著的临床疗效，被称为第四种癌症治疗方法（除了手术、化疗和放疗之外），并获得美国食品药品监督管理局（FDA）批准和美国国家综合癌症网络（NCCN）指南推荐，成为晚期非小细胞肺癌（NSCLC）一线治疗的选择。肿瘤免疫治疗方法主要是通过激活人体的免疫系统，达到识别、控制和清除肿瘤的疗效，而研究最多的为单克隆抗体类免疫检查点抑制剂如细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4（CTLA-4）单抗、程序性死亡抑制因子蛋白及其配体（PD-1/PD-L1）单抗，至此，国内已有7款PD-1/PD-L1免疫检查点抑制剂上市。

肿瘤免疫治疗作为一线治疗方案之一，生物标志物的选择便显得非常重要。PD-L1、肿瘤突变负荷（TMB）、DNA错配修复缺陷型（dMMR）和微卫星不稳定性（MSI）均是临床和专家共识普遍认可和接受的标志物，其中肿瘤突变负荷（TMB）作为关注度最热的生物标志物，不仅被写入2019年NCCN非小细胞肺癌V1版指南，而且在近期研究中显示数十种癌症类型包括黑色素瘤、肾细胞癌、膀胱癌、头颈癌等在内，TMB水平越高，患者接受免疫检查点抑制剂治疗后的生存率越高（Robert M. Samstein，et al.Tumor mutational load predictssurvival after immunotherapy across multiple cancer types.Nature Genetics.14January 2019).

由于TMB可以有效的预测免疫检查点治疗的疗效和预后，所以TMB检测对于临床免疫治疗已变得越来越重要。目前检测TMB的方法主要为基于二代测序技术（NGS）的全外显子（WES）测序。但由于WES成本较高、操作繁琐等，很难作为检测TMB的常规临床方法。基于NGS的靶向基因套餐（panel）越来越多的被设计用于TMB检测，例如FoundationOne CDx NGS、MSK-IMPACT NGS平台。靶向基因测序不仅可以大大降低测序成本，并且一些研究显示TMB的panel检测与WES具有很好的一致性。

为此，提出一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型，通过该方法和预测模型对基因突变进行检测和计算，可以达到和全外显子测序的TMB检测相等同的结果，以提高肿瘤突变负荷评估的准确性。

为了实现上述目的，本发明的技术方案如下：

一种检测肿瘤突变负荷的方法，包括以下步骤：

S1：对待测的肿瘤组织和血液样品进行DNA提取；

S2：针对肿瘤相关基因，构建目标区域靶向捕获测序文库；

S3：利用高通量测序平台，获得原始下机数据；

S4：通过检出流程得到样本的肿瘤突变负荷。