[发明专利]一种检测肿瘤突变负荷的方法及预测模型

权利要求书

1.一种非诊断目的的检测肿瘤突变负荷的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1：对待测的肿瘤组织和血液样品进行DNA提取；

S2：针对肿瘤相关基因，构建目标区域靶向捕获测序文库；

S3：利用高通量测序平台，获得原始下机数据；

S4：通过检出流程得到样本的肿瘤突变负荷；所述检出流程具体包括：

（a）测序数据拆分，用于对高通量测序平台Illumina的下机数据进行拆分，获得原始测序数据；

（b）低质量数据过滤及质控，用于对高通量测序的原始数据进行过滤、质控和处理；所述低质量数据过滤及质控的具体过程为去除含有接头的序列、去除N含量5个的序列和去除平均质量低于15的序列，选择符合设定阈值的数据进行后续分析；

（c）数据对比，将数据比对到参考基因组上；所述数据对比的具体过程为使用比对软件BWA-mem比对到参考基因组，并对比对上的数据进行平均测序深度1000X，100X覆盖率筛选90%，选择符合设定阈值的数据进行后续分析；

（d）变异检测，获得肿瘤样本的相关突变信息；

（e）注释，用于对捕获区域内突变位点进行相关疾病信息进行注释；

（f）成对样本质控，检验肿瘤组织与对照是否来自于同一样本；

（g）位点过滤与统计，对原始体细胞变异结果进行过滤，得到真实突变结果，并统计其中的单碱基变异SNV同义突变个数Nsys、SNV非同义突变个数Nnon、移码插入突变个数Nis、非移码插入突变个数Nns、移码缺失突变个数Nds以及非移码缺失突变个数Ndn；

将（g）中计算的结果输入基于高通量靶向测序技术检测肿瘤突变负荷的预测模型中，得到样本的肿瘤突变负荷；所述预测模型为TMB=a0+a1× Nsys+a2× Nnon+a3× Nis+a4×Nns+a5× Nds+a6× Ndn，其中，a0、a1、a2、a3、a4、a5和a6是通过1453例ChosenOne599Ⓡ靶向测序数据进行拟合得到。

2.根据权利要求1所述的一种非诊断目的的检测肿瘤突变负荷的方法，其特征在于，所述肿瘤相关基因中的外显子区域的基因包括：ABL1、ABL2、ACVR1B、AKT1、AKT2、AKT3、ALK、AMER1、APC、AR、ARAF、ARFRP1、ARID1A、ARID1B、ARID2、ASXL1、ATM、ATR、ATRX、AURKA、AURKB、AXIN1、AXL、BAP1、BARD1、BCL2、BCL2L1、BCL2L2、BCL6、BCOR、BCORL1、BLM、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRD4、BRIP1、BTG1、BTK、C11orf30、CARD11、CBFB、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD274、CD79A、CD79B、CDC73、CDH1、CDK12、CDK4、CDK6、CDK8、CDKN1A、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEBPA、CHD2、CHD4、CHEK1、CHEK2、CIC、CREBBP、CRKL、CRLF2、CSF1R、CTCF、CTNNA1、CTNNB1、CUL3、CYLD、DAXX、DDR2、DICER1、DNMT3A、DOT1L、EGFR、EP300、EPHA3、EPHA5、EPHA7、EPHB1、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERG、ERRFI1、ESR1、EZH2、FAM46C、FANCA、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCL、FAS、FAT1、FBXW7、FGF10、FGF14、FGF19、FGF23、FGF3、FGF4、FGF6、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FH、FLCN、FLT1、FLT3、FLT4、FOXL2、FOXP1、FRS2、FUBP1、GABRA6、GATA1、GATA2、GATA3、GATA4、GATA6、GID4、GLI1、GNA11、GNA13、GNAQ、GNAS、GPR124、GRIN2A、GRM3、GSK3B、H3F3A、HGF、HNF1A、HRAS、HSD3B1、HSP90AA1、IDH1、IDH2、IGF1R、IGF2、IKBKE、IKZF1、IL7R、INHBA、INPP4B、IRF2、IRF4、IRS2、JAK1、JAK2、JAK3、JUN、KAT6A、KDM5A、KDM5C、KDM6A、KDR、KEAP1、KEL、KIT、KLHL6、KMT2A、KMT2C、KMT2D、KRAS、LMO1、LRP1B、LYN、LZTR1、MAGI2、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAP3K1、MCL1、MDM2、MDM4、MED12、MEF2B、MEN1、MET、MITF、MLH1、MPL、MRE11A、MSH2、MSH6、MTOR、MUTYH、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、NF1、NF2、NFE2L2、NFKBIA、NKX2-1、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NPM1、NRAS、NSD1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUP93、PAK3、PALB2、PARK2、PAX5、PBRM1、PDCD1LG2、PDGFRA、PDGFRB、PDK1、PIK3C2B、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CG、PIK3R1、PIK3R2、PLCG2、PMS2、POLD1、POLE、PPP2R1A、PRDM1、PREX2、PRKAR1A、PRKCI、PRKDC、PRSS8、PTCH1、PTEN、PTPN11、QKI、RAC1、RAD50、RAD51、RAF1、RANBP2、RARA、RB1、RBM10、RET、RICTOR、RNF43、ROS1、RPTOR、RUNX1、RUNX1T1、SDHA、SDHB、SDHC、SDHD、SETD2、SF3B1、SLIT2、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SNCAIP、SOCS1、SOX10、SOX2、SOX9、SPEN、SPOP、SPTA1、SRC、STAG2、STAT3、STAT4、STK11、SUFU、SYK、TAF1、TBX3、TET2、TGFBR2、TNFAIP3、TNFRSF14、TOP1、TOP2A、TP53、TSC1、TSC2、TSHR、U2AF1、VEGFA、VHL、WISP3、WT1、XPO1、ZBTB2、ZNF217、ZNF703。