[发明专利]一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法

说明书

本发明涉及生物医学技术领域，特别涉及一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法；包括以下步骤：S1：采集肿瘤患者的样本；S2：利用探针捕获或者扩增子技术进行针对人类基因组目标区域的富集；S3：对人基因组中与肿瘤发生发展相关的特定目标基因区域进行测序；S4：针对所有捕获区域，使用生物信息算法，经过样本数据质控、低质量数据过滤、比对参考基因组、变异检测、变异过滤以及变异注释后，获得TDB数值。本发明提供了一种全新的TDB的计算机算法，其中TDB与微卫星不稳定性（Microsatellite Instability，MSI）金标准的检测结果一致性显著高于TMB与MSI检测结果的一致性，可以更好地预测免疫治疗疗效。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，特别涉及一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法。

背景技术

近年来，随着生活节奏的加快、生活和工作压力的增大及环境问题的日益严峻，肿瘤患者的数量呈上升趋势，肿瘤是一种发病率和死亡率极高的疾病，给患者和其家属带来了极大的生理痛苦和非常繁重的经济负担。特别是对于晚期肿瘤患者，他们的生活质量极低。为了减轻这类人群的痛苦，改善他们的生活质量，有效延长他们的生命，对他们进行个性化、规范化的对症治疗显得尤为重要。

肿瘤免疫治疗法是肿瘤治疗领域中最具前景的研究方向之一，这种治疗方法能极大地改善晚期肿瘤患者的生存质量，提高它们的生存率。近两年来，多个免疫药物如帕博利珠单抗（Pembrolizumab）等获批用于肿瘤患者的一线治疗。但是免疫治疗整体响应率偏低，寻找一些合适的分子标志物，筛选出免疫治疗的优势人群迫在眉睫。

肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden，TMB)作为潜在的预测免疫治疗疗效的分子标志物，日益受到临床医生的关注。TMB定义为所评估体细胞基因的目标富集区域中每兆碱基中发生置换和插入/缺失突变的总数。体细胞的突变可转录/表达成RNA/蛋白水平，产生新的抗原、蛋白片段或多肽段等，这些新的蛋白被自身免疫系统识别为非自身抗原，激活T细胞，引起免疫反应。因此，肿瘤突变负荷越高，产生新抗原的概率越高，从而更能被免疫系统识别。当使用了免疫检查点抑制剂（Immune Checkpoint Inhibitor，ICI）来对抗免疫逃逸的肿瘤细胞，TMB水平越高的患者可能接受免疫治疗效果越好。

为此，提出一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，并利用检测出的肿瘤突变负荷准确地预测免疫治疗疗效显得尤为重要，对促进肿瘤对症治疗，减轻患者痛苦和经济负担相当有益。

发明内容

本发明的目的在于提供一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，该方法针对目标捕获区域测序，使用生物信息算法计算每百万个碱基的平均缺失（deletion）的位点个数，获得肿瘤缺失突变负荷（Tumor Deletion mutation Burden,TDB)数值；使用MSIsensor算法作为对比方法，模拟出TDB的阈值，预测免疫治疗疗效；并且TDB与微卫星不稳定性（Microsatellite Instability，MSI）金标准的检测结果一致性显著高于TMB与MSI检测结果的一致性，可以更好地预测免疫治疗疗效。

为了实现上述目的，本发明的技术方案如下：

一种分子标志物肿瘤缺失突变负荷的检测方法，包括以下步骤：

S1：采集肿瘤患者的样本；

S2：利用探针捕获或者扩增子技术进行针对人类基因组目标区域的富集；

S3：对人基因组中与肿瘤发生发展相关的特定目标基因区域进行测序；

S4：针对所有捕获区域，使用生物信息算法，经过样本数据质控、低质量数据过滤、比对参考基因组、变异检测、变异过滤以及变异注释后，最终得到可信的插入缺失变异InDel、计算编码区CDS每百万个碱基缺失突变位点的个数过程，获得TDB数值。